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- PDB-3b8a: Crystal structure of yeast hexokinase PI in complex with glucose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b8a
タイトルCrystal structure of yeast hexokinase PI in complex with glucose
要素Hexokinase-1ヘキソキナーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / induced fit (酵素反応) / Allosteric enzyme / ATP-binding / Glycolysis (解糖系) / Kinase (キナーゼ) / Nucleotide-binding / Phosphorylation (リン酸化)
機能・相同性
機能・相同性情報


fructose import across plasma membrane / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / hexokinase activity / 解糖系 / mannokinase activity / ヘキソキナーゼ / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucokinase activity / glucose 6-phosphate metabolic process ...fructose import across plasma membrane / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / hexokinase activity / 解糖系 / mannokinase activity / ヘキソキナーゼ / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucokinase activity / glucose 6-phosphate metabolic process / mannose metabolic process / D-glucose binding / fructose metabolic process / glucose import / intracellular glucose homeostasis / Neutrophil degranulation / glycolytic process / glucose metabolic process / ミトコンドリア / ATP binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1250 / Hexokinase; domain 1 / Hexokinase; domain 1 - #20 / ヘキソキナーゼ / Hexokinase, binding site / Hexokinase, N-terminal / Hexokinase, C-terminal / ヘキソキナーゼ / ヘキソキナーゼ / Hexokinase domain signature. ...Helix Hairpins - #1250 / Hexokinase; domain 1 / Hexokinase; domain 1 - #20 / ヘキソキナーゼ / Hexokinase, binding site / Hexokinase, N-terminal / Hexokinase, C-terminal / ヘキソキナーゼ / ヘキソキナーゼ / Hexokinase domain signature. / Hexokinase domain profile. / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Helix Hairpins / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
グルコース / Hexokinase-1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Kuser, P. / Cupri, F. / Bleicher, L. / Polikarpov, I.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of yeast hexokinase PI in complex with glucose: A classical "induced fit" example revised.
著者: Kuser, P. / Cupri, F. / Bleicher, L. / Polikarpov, I.
履歴
登録2007年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Hexokinase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,0803
ポリマ－53,8041
非ポリマー2762
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.120, 78.870, 144.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Hexokinase-1 / ヘキソキナーゼ / Hexokinase-A / Hexokinase PI


分子量: 53804.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04806, ヘキソキナーゼ
#2: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス / グルコース


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.67 %
結晶化温度: 277 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG 4000, 0.1M phosphate buffer, 10 mg/ml protein concentration, pH 6.5, hanging drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.38 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年6月15日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.38 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→12.92 Å / Num. all: 14357 / Num. obs: 14357 / % possible obs: 92.92 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 47.358 Å2 / Rsym value: 0.119 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.95→3.03 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1007 / Rsym value: 0.477 / % possible all: 94.44

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
MAR345dtbデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化開始モデル: PDB ENTRY 1IG8

1ig8


解像度: 2.95→12.92 Å / FOM work R set: 0.828 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: ml
詳細: Used group refinement for B-factors (one per residue)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 715 4.98 %RANDOM
Rwork0.192 ---
all-15560 --
obs-14357 92.27 %-
溶媒の処理Bsol: 24.278 Å2 / ksol: 0.311 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 122.45 Å2 / Biso mean: 44.81 Å2 / Biso min: 16.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.032 Å20 Å2-0 Å2
2--4.388 Å20 Å2
3----1.734 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→12.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3663 0 17 4 3684
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.471
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.0761
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0011
X-RAY DIFFRACTIONf_nbd_refined4.0761

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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