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万見
- PDB-3b5w: Crystal Structure of Eschericia coli MsbA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b5w
タイトルCrystal Structure of Eschericia coli MsbA
要素Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / ABC transporter / MsbA / lipid flippase / ATP-binding / Hydrolase (加水分解酵素) / Inner membrane / Lipid transport / Membrane (生体膜) / Nucleotide-binding / Transmembrane (膜貫通型タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


MsbA transporter complex / lipopolysaccharide floppase activity / lipid translocation / ABC-type lipid A-core oligosaccharide transporter / lipopolysaccharide transport / ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / ABC-type xenobiotic transporter activity / lipid transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport ...MsbA transporter complex / lipopolysaccharide floppase activity / lipid translocation / ABC-type lipid A-core oligosaccharide transporter / lipopolysaccharide transport / ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / ABC-type xenobiotic transporter activity / lipid transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / lipid binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA family profile. / ABC transporter, lipid A-core flippase, MsbA / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter ...Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA family profile. / ABC transporter, lipid A-core flippase, MsbA / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent lipid A-core flippase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 5.3 Å
データ登録者Ward, A. / Reyes, C.L. / Yu, J. / Roth, C.B. / Chang, G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Flexibility in the ABC transporter MsbA: Alternating access with a twist.
著者: Ward, A. / Reyes, C.L. / Yu, J. / Roth, C.B. / Chang, G.
履歴
登録2007年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA
B: Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA
C: Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA
D: Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA
E: Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA
F: Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA
G: Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA
H: Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)516,2448
ポリマ－516,2448
非ポリマー00
水0
1
A: Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA
B: Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,0612
ポリマ－129,0612
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA
D: Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,0612
ポリマ－129,0612
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA
F: Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,0612
ポリマ－129,0612
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA
H: Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,0612
ポリマ－129,0612
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)107.790, 126.070, 206.560
Angle α, β, γ (deg.)83.470, 76.250, 84.070
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Lipid A export ATP-binding/permease protein msbA / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 64530.543 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: msbA / プラスミド: pET19b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P60752, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: sitting drop vapor diffusion / pH: 7.5
詳細: 15-20% PEG 300, 80-120mM LiSO4 and 0.05% alpha-DDM., pH 7.5, sitting drop vapor diffusion, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年2月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 5.3→20 Å / Num. all: 36078 / Num. obs: 36078 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rsym value: 0.046

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASES位相決定
精密化解像度: 5.3→19.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 387600.344 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: This entry contains C-alpha atoms only; BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.311 3675 10.2 %RANDOM
Rwork0.276 ---
obs-36078 96.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 194.2 Å2 / ksol: 0.15 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 308.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--20.35 Å2-67.08 Å234.83 Å2
2--27.14 Å2-9.9 Å2
3----6.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 5.3→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4576 0 0 0 4576
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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