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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3b0k | ||||||
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タイトル | Crystal structure of alpha-lactalbumin | ||||||
要素 | Alpha-lactalbumin | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / Calcium Binding Protein (カルシウム結合タンパク質) / GLYCOPROTEIN (糖タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lactose synthase activity / lactose biosynthetic process / calcium ion binding / protein-containing complex / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Capra hircus (ヤギ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Makabe, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Eng.Des.Sel. / 年: 2013 タイトル: Structural insights into the stability perturbations induced by N-terminal variation in human and goat alpha-lactalbumin 著者: Makabe, K. / Nakamura, T. / Kuwajima, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3b0k.cif.gz | 113.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3b0k.ent.gz | 87.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3b0k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/3b0k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/3b0k | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14213.140 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Capra hircus (ヤギ) / 遺伝子: LALBA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00712 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.52 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.9 詳細: 26% PEG 4000, 0.2M ammonium sulphate, 0.1M Na-acetate, 24 mg/ml protein, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 30569 / Num. obs: 30569 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1HFY 解像度: 1.6→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 3.484 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.416 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.601→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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