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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ayv | ||||||
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タイトル | TTHB071 protein from Thermus thermophilus HB8 soaking with ZnCl2 | ||||||
要素 | Putative uncharacterized protein TTHB071 | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Tim Barrel (TIMバレル) | ||||||
機能・相同性 | Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / metal ion binding / Alpha Beta / Xylose isomerase-like TIM barrel domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Nakane, S. / Wakamatsu, T. / Fukui, K. / Nakagawa, N. / Masui, R. / Kuramitsu, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011 タイトル: In vivo, in vitro, and x-ray crystallographic analyses suggest the involvement of an uncharacterized triose-phosphate isomerase (TIM) barrel protein in protection against oxidative stress 著者: Nakane, S. / Wakamatsu, T. / Masui, R. / Kuramitsu, S. / Fukui, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ayv.cif.gz | 216 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ayv.ent.gz | 172.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ayv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/3ayv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/3ayv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28294.357 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 遺伝子: TTHB071 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q53W91 #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.87 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES, 0.05M Mg Chloride, 30%(v/v) PEG MME 550, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1.282186 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月12日 |
回折測定 | 詳細: 1.00 degrees, 4.7 sec, detector distance 130.00 mm / 手法: \w scans |
放射 | モノクロメーター: Si double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.282186 Å / 相対比: 1 |
Reflection | Av R equivalents: 0.055 / 数: 1347990 |
反射 | 解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 1347990 / Num. obs: 1347990 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.8 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 49.414 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.253 / Mean I/σ(I) obs: 11.806 / Rsym value: 0.253 / % possible all: 98.9 |
Cell measurement | Reflection used: 1347990 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 単波長異常分散 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing dm | FOM : 0.34 / FOM acentric: 0.34 / FOM centric: 0.33 / 反射: 18966 / Reflection acentric: 18099 / Reflection centric: 867 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / WRfactor Rfree: 0.212 / WRfactor Rwork: 0.179 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 2.365 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 81.35 Å2 / Biso mean: 20.3554 Å2 / Biso min: 6.64 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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