[日本語] English
万見
- PDB-3awd: Crystal structure of gox2181 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3awd
タイトルCrystal structure of gox2181
要素Putative polyol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / dehydrogenase (脱水素酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Putative polyol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Gluconobacter oxydans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Adam Yuan, Y. / Yuan, Z.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2011
タイトル: Biochemical and structural analysis of Gox2181, a new member of the SDR superfamily from Gluconobacter oxydans.
著者: Liu, X. / Yuan, Z. / Adam Yuan, Y. / Lin, J. / Wei, D.
履歴
登録2011年3月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative polyol dehydrogenase
B: Putative polyol dehydrogenase
C: Putative polyol dehydrogenase
D: Putative polyol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,7648
ポリマ－111,4914
非ポリマー2734
水19,5281084
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14820 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area33300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.273, 121.416, 136.546
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Putative polyol dehydrogenase / gox2181


分子量: 27872.764 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gluconobacter oxydans (バクテリア)
遺伝子: GOX2181 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5FNX9
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1084 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: PEG 8K MG, HEPES, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月30日
放射モノクロメーター: 360 frames 1 degree oscillation / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→90.91 Å / Num. all: 92750 / Num. obs: 92746 / % possible obs: 99.64 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 24.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.503 / Mean I/σ(I) obs: 4.03 / Num. unique all: 4828 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 3.875 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18448 4874 5 %RANDOM
Rwork0.15053 ---
all0.15224 92750 --
obs0.15224 92746 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.204 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.74 Å20 Å20 Å2
2--1.35 Å20 Å2
3----0.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7704 0 4 1084 8792
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0227808
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1891.94310596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.68151024
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.55224.881336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.26151316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8191552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21244
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025860
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.24140
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.25495
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1280.2848
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2380.264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2360.249
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.761.55251
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.128136
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.04432937
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.284.52460
LS精密化 シェル解像度: 1.801→1.848 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 350 -
Rwork0.204 6627 -
obs--97.48 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.871 Å / Origin y: 50.734 Å / Origin z: 26.4957 Å
111213212223313233
T-0.1117 Å2-0.0162 Å20.0101 Å2--0.0987 Å2-0.0013 Å2---0.0971 Å2
L0.3513 °2-0.1228 °20.1588 °2-0.4033 °2-0.2352 °2--0.5157 °2
S-0.009 Å °0.0783 Å °-0.0427 Å °-0.002 Å °-0.055 Å °-0.0391 Å °0.0054 Å °0.0721 Å °0.064 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 257
2X-RAY DIFFRACTION1B1 - 257
3X-RAY DIFFRACTION1C1 - 257
4X-RAY DIFFRACTION1D1 - 257

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る