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- PDB-3anp: Crystal structure of Thermus thermophilus FadR, a TetR familly tr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3anp
タイトルCrystal structure of Thermus thermophilus FadR, a TetR familly transcriptional repressor, in complex with lauroyl-CoA.
要素Transcriptional repressor, TetR family
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / All Alpha Protein / Transcriptional Repressor / DNA (デオキシリボ核酸) / Acyl-CoA (アシルCoA)
機能・相同性
機能・相同性情報


: / TetR/AcrR family transcriptional repressors, C-terminal domain / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ラウリン酸 / DODECYL-COA / Transcriptional repressor, TetR family
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Agari, Y. / Agari, K. / Sakamoto, K. / Kuramitsu, S. / Shinkai, A.
引用ジャーナル: Microbiology / 年: 2011
タイトル: TetR-family transcriptional repressor Thermus thermophilus FadR controls fatty acid degradation.
著者: Agari, Y. / Agari, K. / Sakamoto, K. / Kuramitsu, S. / Shinkai, A.
履歴
登録2010年9月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年8月7日Group: Database references
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Transcriptional repressor, TetR family
D: Transcriptional repressor, TetR family
A: Transcriptional repressor, TetR family
B: Transcriptional repressor, TetR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,8978
ポリマ－94,8474
非ポリマー3,0504
水12,845713
1
C: Transcriptional repressor, TetR family
D: Transcriptional repressor, TetR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5744
ポリマ－47,4242
非ポリマー1,1502
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4090 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area20030 Å2
手法PISA
2
A: Transcriptional repressor, TetR family
B: Transcriptional repressor, TetR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3234
ポリマ－47,4242
非ポリマー1,9002
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4110 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.907, 104.529, 108.179
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Transcriptional repressor, TetR family


分子量: 23711.828 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP Residues 2-203 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / 遺伝子: FadR / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q5SM42
#2: 化合物 ChemComp-DCC / DODECYL-COA


分子量: 949.837 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H58N7O17P3S
#3: 化合物 ChemComp-DAO / LAURIC ACID / ラウリン酸 / ラウリン酸


分子量: 200.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 713 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)Mosaicity (°)
12.9558.280.614
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法詳細pH
2931蒸気拡散法, シッティングドロップ法20% PEG 3350, 0.2M diammonium hydrogen phosphate, 0.1M Sodium acetate trihydrate, 0.1M Tris-Hcl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
2932蒸気拡散法, シッティングドロップ法0.1M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE, 0.1M TRIS-HCL, PH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月23日
詳細: vertically bent two dimensional focusing mirror coated in Rhodium
放射モノクロメーター: Fixed exit Si double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 6.6 % / Av σ(I) over netI: 33.4 / 数: 347357 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Χ2: 1.41 / D res high: 2.25 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 53003 / % possible obs: 98.1
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.855099.810.0482.4075.9
3.854.8510010.0632.6376.6
3.363.8510010.071.8736.9
3.053.3610010.0851.2277
2.833.0510010.121.0897.1
2.672.8310010.1691.0277.1
2.532.6799.910.2080.9697
2.422.5399.310.2370.936.5
2.332.4294.610.2630.8665.9
2.252.3386.910.2710.8825.2
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 81796 / Num. obs: 81796 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 21.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Χ2: 1.302 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.95-2.027.10.3115.6781500.863100
2.02-2.17.40.2278.9781240.87100
2.1-2.27.50.19410.881640.881100
2.2-2.316.50.17812.581331.34999.4
2.31-2.467.50.10919.981760.966100
2.46-2.657.50.08625.682131.01100
2.65-2.917.50.07133.582321.145100
2.91-3.337.50.06744.582801.786100
3.33-4.26.70.0652.977382.73792.8
4.2-507.10.03963.585861.64499.3

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing dmFOM : 0.65 / FOM acentric: 0.65 / FOM centric: 0.68 / 反射: 48664 / Reflection acentric: 44564 / Reflection centric: 4100
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
6.4-32.7950.880.910.7924001864536
4-6.40.890.90.872206312908
3.2-40.860.870.7889168090826
2.8-3.20.720.720.6987428096646
2.4-2.80.50.50.481445113589862
2.3-2.40.310.310.3669356613322

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.12位相決定
RESOLVE2.12位相決定
CNS1.3精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→26.09 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8365 / Data cutoff high absF: 2615321 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 8175 10 %RANDOM
Rwork0.205 ---
all0.209 ---
obs0.209 81534 99 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.9792 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 90.4 Å2 / Biso mean: 25.0904 Å2 / Biso min: 8.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.47 Å20 Å20 Å2
2---8.84 Å20 Å2
3----0.64 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→26.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6425 0 197 713 7335
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.24
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.911.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.462
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.52
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.92.5
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 1329 9.8 %
Rwork0.236 12220 -
all-13549 -
obs-13549 99.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION6dcc_dao_prodrug.paramdcc_dao_prodrug.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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