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- PDB-3acp: Crystal Structure of Yeast Rpn14, a Chaperone of the 19S Regulato... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3acp
タイトルCrystal Structure of Yeast Rpn14, a Chaperone of the 19S Regulatory Particle of the Proteasome
要素WD repeat-containing protein YGL004C
キーワードCHAPERONE (シャペロン) / WD40 domain / WD repeat (WD40リピート)
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome regulatory particle assembly / proteasome complex / ubiquitin-dependent protein catabolic process / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
26S proteasome regulatory subunit RPN14
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kim, S. / Saeki, Y. / Suzuki, A. / Takagi, K. / Fukunaga, K. / Yamane, T. / Kato, K. / Tanaka, K. / Mizushima, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of yeast Rpn14, a chaperone of the 19S regulatory particle of the proteasome
著者: Kim, S. / Saeki, Y. / Fukunaga, K. / Suzuki, A. / Takagi, K. / Yamane, T. / Tanaka, K. / Mizushima, T. / Kato, K.
履歴
登録2010年1月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WD repeat-containing protein YGL004C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4341
ポリマ－46,4341
非ポリマー00
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.581, 78.581, 110.122
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

#1: タンパク質 WD repeat-containing protein YGL004C / WD40 protein


分子量: 46433.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P53196
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.1141.81
2
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 3350, MgCl2, Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL44XU10.9
シンクロトロンSPring-8 BL44XU20.97914, 0.9794, 0.96417
検出器
タイプID検出器日付
Bruker DIP-60401CCD2008年2月13日
Bruker DIP-60402CCD2008年2月13日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91
20.979141
30.97941
40.964171
反射解像度: 2→39.28 Å / Num. obs: 26081 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 32.09 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 158070
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.405 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
SHELX位相決定
直接法位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
DENZOデータ削減
MOSFLMデータ削減
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→19.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 5.579 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.222 / ESU R Free: 0.191 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 1325 5.1 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.203 24720 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 78.58 Å2 / Biso mean: 39.994 Å2 / Biso min: 16.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å2-0.05 Å20 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3---0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3266 0 0 82 3348
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0223328
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9681.9424505
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.7925416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.60525.152165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.38115569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.8541516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.2507
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212538
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.241.51583
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.20222560
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9493986
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7364.5913
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 106 -
Rwork0.273 1808 -
all-1914 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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