+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3a1f | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The crystal structure of NADPH binding domain of gp91(phox) | ||||||
要素 | Cytochrome b-245 heavy chain | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / gp91(phox) / NADPH binding domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to L-glutamine / hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / superoxide-generating NAD(P)H oxidase activity / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / perinuclear endoplasmic reticulum / NADPH oxidase complex / respiratory burst / ROS and RNS production in phagocytes / cellular response to ethanol / superoxide anion generation ...cellular response to L-glutamine / hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / superoxide-generating NAD(P)H oxidase activity / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / perinuclear endoplasmic reticulum / NADPH oxidase complex / respiratory burst / ROS and RNS production in phagocytes / cellular response to ethanol / superoxide anion generation / 酸化還元酵素 / response to angiotensin / hydrogen peroxide biosynthetic process / monoatomic ion channel complex / response to aldosterone / superoxide metabolic process / Detoxification of Reactive Oxygen Species / tertiary granule membrane / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / specific granule membrane / monoatomic ion transmembrane transport / RAC1 GTPase cycle / cellular response to cadmium ion / response to nutrient / defense response / VEGFA-VEGFR2 Pathway / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of tumor necrosis factor production / 核膜 / flavin adenine dinucleotide binding / response to xenobiotic stimulus / 炎症 / protein heterodimerization activity / 自然免疫系 / neuronal cell body / 樹状突起 / heme binding / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Honbou, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of NADPH binding domain of gp91(phox) 著者: Honbou, K. / Noda, N.N. / Sumimoto, H. / Inagaki, F. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3a1f.cif.gz | 46.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3a1f.ent.gz | 32.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3a1f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/3a1f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/3a1f | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21178.758 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 385-570 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P04839 | ||
---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-NI / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.58 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 12% PEG 3350, 0.1M sodium acetate pH 5.6, 0.4M NiCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU ULTRAX 18 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年8月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 13234 / Num. obs: 13234 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 24.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.294 / Mean I/σ(I) obs: 9.4 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→28.48 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 202908.86 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 64.4501 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.8 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→28.48 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|