PDB-3a1d: Crystal structure of the P- and N-domains of CopA, a copper-trans...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3a1d

タイトル

Crystal structure of the P- and N-domains of CopA, a copper-transporting P-type ATPase, bound with ADP-Mg

要素

Probable copper-exporting P-type ATPase A

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

P-type ATPase

機能・相同性

機能・相同性情報

P-type divalent copper transporter activity / P-type monovalent copper transporter activity / P-type Cu+ transporter / copper ion export / copper ion import / intracellular copper ion homeostasis / copper ion binding /

ATP hydrolysis activity /

ATP binding / identical protein binding /

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Tsuda, T. / Toyoshima, C.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2009
タイトル: Nucleotide recognition by CopA, a Cu+-transporting P-type ATPase.
著者: Tsuda, T. / Toyoshima, C.

履歴

登録	2009年3月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3a1d.cif.gz	128.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3a1d.ent.gz	98.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3a1d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/3a1d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/3a1d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3a1cC 3a1eC 2b8eS 2arf 2iye S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3a1c-d 3a1e-d 5hpl-2 5hpl-1 4rsp-1 5hpt-3 5d6g-d 5npu-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (9) #51 - 2004年3月カルシウムポンプ (Calcium Pump) 類似性 (8) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Probable copper-exporting P-type ATPase A

B: Probable copper-exporting P-type ATPase A

ヘテロ分子

62.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.956, 89.956, 190.375
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	95
Space group name H-M	P4₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1077- HOH

詳細

The author states that a functinal unit is unknown about this protein and would like to change DIMERIC to UNKNOWN in REMARK 350.

#1: タンパク質	Probable copper-exporting P-type ATPase A 分子量: 30781.383 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 387-673 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属) 遺伝子: copA, pacS, AF_0473 / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O29777, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 555 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.68 %
結晶化	温度: 283 K / pH: 5.5 / 詳細: pH 5.5, temperature 283K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→20 Å / Num. obs: 63866 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 41 Å² / R_merge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 30.6
反射シェル	解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.483 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
ADSC	Quantum	データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2B8E

2b8e

解像度: 1.85→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 4.694 / SU ML: 0.077 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22563	3413	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19213	-	-	-
obs	0.19379	63866	99.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.004 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.09 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4033	0	56	555	4644

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	4119
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.285	2.011	5573
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.227	5	538
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.56	25.732	164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.735	15	773
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.486	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	682
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2956
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	2075
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.295	0.2	2874
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.191	0.2	530
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.257	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.199	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.143	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.81	1.5	2760
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.312	2	4276
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.174	3	1496
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.61	4.5	1297
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.299	266	-
R_work	0.264	4590	-
obs	-	-	99.35 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9546	0.2532	-0.5376	0.2958	0.155	1.166	0.0835	0.0473	0.0084	-0.0319	-0.0548	-0.0617	-0.0958	-0.1531	-0.0288	0.045	0.0369	0.0526	-0.0562	0.0303	-0.0401	65.5896	22.5467	51.3247
2	0.3117	-0.1768	0.1081	1.9807	-1.41	1.0047	-0.1199	0.0598	0.025	0.0247	0.0431	-0.0158	0.0382	-0.0124	0.0768	0.0694	-0.0038	0.016	-0.0841	0.0385	-0.0416	74.2166	40.9671	25.9879
3	0.2744	0.0368	0.2704	2.8176	-0.4696	0.6658	0.0855	0.0952	-0.1329	-0.1249	-0.0472	-0.1477	0.0024	0.004	-0.0382	0.0381	0.0144	0.082	-0.1256	0.0009	0.0427	80.5847	5.2561	33.6646
4	3.7927	0.4382	-0.205	3.5074	0.2068	2.9653	-0.1082	0.2164	-0.0398	0.3325	-0.0066	-1.2181	-0.0788	0.3968	0.1148	-0.1861	-0.0248	-0.0273	-0.0671	0.1049	0.3585	100.8389	32.39	36.6585

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	399 - 430
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	548 - 666
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	400 - 430
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	548 - 671
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	432 - 546
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	432 - 546

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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