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- PDB-3a01: Crystal structure of Aristaless and Clawless homeodomains bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a01
タイトルCrystal structure of Aristaless and Clawless homeodomains bound to DNA
要素
  • 5'-D(*CP*CP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*GP*CP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*GP*CP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*GP*G)-3'
  • Homeobox protein aristalessホメオボックス
  • Homeodomain-containing protein
キーワードGene Regulation/DNA / HOMEODOMAIN (ホメオボックス) / PROTEIN-DNA COMPLEX (デオキシリボ核酸) / DNA-binding / Homeobox (ホメオボックス) / Nucleus (Nucleus) / Developmental protein (ヒトの発達) / Gene Regulation-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


elongation of arista core / leg disc development / antennal morphogenesis / imaginal disc-derived leg morphogenesis / chaeta development / animal organ development / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding ...elongation of arista core / leg disc development / antennal morphogenesis / imaginal disc-derived leg morphogenesis / chaeta development / animal organ development / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / 細胞核
類似検索 - 分子機能
T-cell leukemia homeobox protein 1/2/3 / OAR domain / OAR motif / OAR domain profile. / ヘリックスターンヘリックス / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / ホメオボックス / 'Homeobox' domain profile. ...T-cell leukemia homeobox protein 1/2/3 / OAR domain / OAR motif / OAR domain profile. / ヘリックスターンヘリックス / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / ホメオボックス / 'Homeobox' domain profile. / ホメオボックス / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Homeobox protein aristaless / Homeodomain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Miyazono, K. / Nagata, K. / Saigo, K. / Kojima, T. / Tanokura, M.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2010
タイトル: Cooperative DNA-binding and sequence-recognition mechanism of aristaless and clawless
著者: Miyazono, K. / Zhi, Y. / Takamura, Y. / Nagata, K. / Saigo, K. / Kojima, T. / Tanokura, M.
履歴
登録2009年2月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Homeodomain-containing protein
B: Homeobox protein aristaless
C: 5'-D(*GP*GP*CP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*GP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*CP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*GP*CP*C)-3'
E: Homeodomain-containing protein
F: Homeobox protein aristaless
G: 5'-D(*GP*GP*CP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*GP*G)-3'
H: 5'-D(*CP*CP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*GP*CP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8818
ポリマ－59,8818
非ポリマー00
水0
1
A: Homeodomain-containing protein
B: Homeobox protein aristaless
C: 5'-D(*GP*GP*CP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*GP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*CP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*GP*CP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9404
ポリマ－29,9404
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6760 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area13040 Å2
手法PISA
2
E: Homeodomain-containing protein
F: Homeobox protein aristaless
G: 5'-D(*GP*GP*CP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*GP*G)-3'
H: 5'-D(*CP*CP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*GP*CP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9404
ポリマ－29,9404
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6190 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area12620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.930, 85.400, 110.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Homeodomain-containing protein


分子量: 11191.974 Da / 分子数: 2 / 断片: Clawless Homeobox, residues 170-261 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: C15, CG7937 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VD99
#2: タンパク質 Homeobox protein aristaless / ホメオボックス


分子量: 8335.609 Da / 分子数: 2 / 断片: Homeobox, residues 80-146 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: al, CG3935 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06453
#3: DNA鎖 5'-D(*GP*GP*CP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*GP*G)-3'


分子量: 5257.419 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*GP*CP*C)-3'


分子量: 5155.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.06 %

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 18995

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3A02, 3A03, and 1PUF

3a02

3a03

1puf


解像度: 2.7→19.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU ML: 0.279 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.793 / ESU R Free: 0.367 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28275 1943 10.2 %RANDOM
Rwork0.22824 ---
obs0.23363 17051 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2286 1382 0 0 3668
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0213884
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7692.3895508
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.995259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.49420.84131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.42415452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8371541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022491
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.21540
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.22488
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1810.2133
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1510.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1720.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.769 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 121 -
Rwork0.354 1242 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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