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- PDB-330d: BASE-PAIRING SHIFT IN THE MAJOR GROOVE OF (CA)N TRACTS BY B-DNA C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 330d
タイトルBASE-PAIRING SHIFT IN THE MAJOR GROOVE OF (CA)N TRACTS BY B-DNA CRYSTAL STRUCTURES
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*T)-3')
キーワードDNA (デオキシリボ核酸) / B-DNA / DOUBLE HELIX
機能・相同性デオキシリボ核酸 / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Timsit, Y. / Vilbois, E. / Moras, D.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1991
タイトル: Base-pairing shift in the major groove of (CA)n tracts by B-DNA crystal structures.
著者: Timsit, Y. / Vilbois, E. / Moras, D.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Self-fitting and Self-modifying Properties of the B-DNA Molecule
著者: Timsit, Y. / Moras, D.
履歴
登録1997年4月29日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01997年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3302
ポリマ－7,3302
非ポリマー00
水93752
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.890, 65.890, 47.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*C)-3')


分子量: 3609.345 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*T)-3')


分子量: 3720.403 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.17 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, temperature 277.00K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER水11
2MPD11
3CACODYLATEカコジル酸11
4SPERMINEスペルミン11
5MG ACETATE11
6WATER水12
7MPD12
結晶化
*PLUS
pH: 6
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
150 mMcacodylate1drop
21 mMdodecamer duplex1drop
31.2 mMspermine tetrachloride1drop
416 mMmagnesium acetate1drop
545 %2,4-methypentanediol1drop
61
71

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データ収集

回折平均測定温度: 258 K
放射光源由来: 回転陽極
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 1710 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.054

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLOR精密化
CORELS精密化
ULTIMAモデル構築
XENGENデータ削減
ULTIMA位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: B-DNA DODECAMER

解像度: 2.7→7 Å / Data cutoff high absF: 1000 / Data cutoff low absF: 0.001 / σ(F): 2
詳細: RE-REFINEMENT OF THE PUBLISHED STRUCTURE WITH NEW VERSION OF TOPOLOGY AND PARAMETERS FILES (1996), AND NEW VERSION OF X-PLOR (1997).
Rfactor反射数%反射
Rwork0.17 --
obs0.17 1378 69.7 %
原子変位パラメータBiso mean: 34 Å2
Refine Biso
クラスRefine-ID詳細Treatment
ALL ATOMSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
ALL WATERSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 486 0 52 538
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.27
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d29.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.83
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1DNA.PARAMDNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH10.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 7 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.17 / Rfactor Rwork: 0.17
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 34 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg29.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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