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万見
- PDB-2zug: Crystal structure of WSSV ICP11 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zug
タイトルCrystal structure of WSSV ICP11
要素ORF115 (WSSV285) (Wsv230)
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / DNA mimic protein / dimer / White spot syndrome virus
機能・相同性VP9 protein domain / White spot syndrome virus (WSSV), Orf116/126, N-terminal / VP9, N-terminal domain superfamily / VP9 protein / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / ICP11/P9
機能・相同性情報
生物種Shrimp white spot syndrome virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Wang, A.H.-J. / Wang, H.-C. / Ko, T.-P. / Lo, C.-F.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2008
タイトル: White spot syndrome virus protein ICP11: A histone-binding DNA mimic that disrupts nucleosome assembly
著者: Wang, H.-C. / Wang, H.-C. / Ko, T.-P. / Lee, Y.-M. / Leu, J.-H. / Ho, C.-H. / Huang, W.-P. / Lo, C.-F. / Wang, A.H.-J.
履歴
登録2008年10月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF115 (WSSV285) (Wsv230)
B: ORF115 (WSSV285) (Wsv230)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9542
ポリマ－20,9542
非ポリマー00
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1870 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area8680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.595, 91.595, 98.352
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-97-

HOH

21B-99-

HOH

31B-108-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ORF115 (WSSV285) (Wsv230) / ICP11


分子量: 10477.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shrimp white spot syndrome virus (ウイルス)
株: Taiwan isolate / 遺伝子: white spot syndrome virus / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q91LD0
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.01 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M sodium acetate trihydrate, 2.2M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSRRC BL13B110.9762
シンクロトロンNSRRC BL13B120.9790, 0.9788, 0.9636
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2006年7月1日
ADSC QUANTUM 3152CCD2006年7月1日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97621
20.9791
30.97881
40.96361
反射解像度: 2.72→30 Å / Num. all: 11756 / Num. obs: 11437 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 30.3
反射 シェル解像度: 2.72→2.82 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.644 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 1158 / % possible all: 88.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.72→29.25 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 569 -RANDOM
Rwork0.226 ---
all0.227 11756 --
obs0.227 10822 92.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 66.8 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.56 Å0.58 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.72→29.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1243 0 0 39 1282
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.015
LS精密化 シェル解像度: 2.72→2.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.035
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 50 -
Rwork0.407 --
obs-854 74.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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