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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2zkm | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Phospholipase C Beta 2 | ||||||
要素 | 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phosphodiesterase beta-2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / phospholipase C (ホスホリパーゼC) / phosphoinositide phospholipase / PLC-Beta-2 / Calcium (カルシウム) / Coiled coil (コイルドコイル) / Lipid degradation / Metal-binding / Transducer (トランスデューサー) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 G-protein beta/gamma-subunit complex / Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / phosphoinositide phospholipase C / Acetylcholine regulates insulin secretion / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / PLC beta mediated events / phosphatidylinositol metabolic process / phosphatidylinositol phospholipase C activity / phospholipase C activity / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol ...G-protein beta/gamma-subunit complex / Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / phosphoinositide phospholipase C / Acetylcholine regulates insulin secretion / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / PLC beta mediated events / phosphatidylinositol metabolic process / phosphatidylinositol phospholipase C activity / phospholipase C activity / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / neuronal dense core vesicle / phosphatidylinositol-mediated signaling / : / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / release of sequestered calcium ion into cytosol / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / phospholipid binding / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Ca2+ pathway / G alpha (q) signalling events / G protein-coupled receptor signaling pathway / calcium ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å | ||||||
データ登録者 | Hicks, S.N. / Jezyk, M.R. / Gershberg, S. / Seifert, J.P. / Harden, T.K. / Sondek, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2008 タイトル: General and versatile autoinhibition of PLC isozymes 著者: Hicks, S.N. / Jezyk, M.R. / Gershburg, S. / Seifert, J.P. / Harden, T.K. / Sondek, J. #1: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2006 タイトル: Crystal structure of Rac1 bound to its effector phospholipase C-beta2 著者: Jezyk, M.R. / Snyder, J.T. / Gershberg, S. / Worthylake, D.K. / Harden, T.K. / Sondek, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2zkm.cif.gz | 171 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2zkm.ent.gz | 131.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2zkm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/2zkm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/2zkm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2fjuS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 91033.922 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-799 (PH-C2 domains) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLC beta 2 / プラスミド: pFastBacHT C / 細胞株 (発現宿主): SF21 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q00722, phosphoinositide phospholipase C |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.26 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 16%(v/v) isopropanol, 2%(v/v) dioxane, 100mM Tris , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, sitting drop, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.0712 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月28日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si (220) cryogenically cooled monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0712 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.62→50 Å / Num. all: 130702 / Num. obs: 129374 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 0.867 / Net I/σ(I): 12.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.62→1.68 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.207 / Num. unique all: 12374 / Χ2: 0.613 / % possible all: 95.3 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2FJU 解像度: 1.62→19.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 1.235 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.682 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.62→19.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.62→1.662 Å / Total num. of bins used: 20
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