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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2zg8 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Pd(allyl)/apo-H49AFr | ||||||
要素 | Ferritin light chain | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / IRON STORAGE PROTEIN / LIGHT CHAIN APOFERRITIN / ARTIFICIAL METALLOPROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / iron ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Equus caballus (ウマ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Abe, S. / Niemeyer, J. / Abe, M. / Ueno, T. / Hikage, T. / Erker, G. / Watanabe, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2008 タイトル: Control of the coordination structure of organometallic palladium complexes in an apo-ferritin cage. 著者: Abe, S. / Niemeyer, J. / Abe, M. / Takezawa, Y. / Ueno, T. / Hikage, T. / Erker, G. / Watanabe, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2zg8.cif.gz | 58.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2zg8.ent.gz | 43 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2zg8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/2zg8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/2zg8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 24||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 X
#1: タンパク質 | 分子量: 19789.314 Da / 分子数: 1 / 変異: H49A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 遺伝子: FTL / プラスミド: pMK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Nova Blue / 参照: UniProt: P02791 |
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-非ポリマー , 6種, 227分子
#2: 化合物 | ChemComp-PD / | ||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-CD / | ||||||
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-EDO / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
非ポリマーの詳細 | IN THE LIGAND PLL, ALL C-C BOND TYPES ARE DELOCALIZE配列の詳細 | THE FEATURE OF UNIPROT (FRIL_HORSE, P02791) SHOWS CONFLICT AT THIS POSITION: L -> P (IN REF. 2). | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.81 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: ammonium sulfate, cadmium sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年8月20日 |
放射 | モノクロメーター: CONFOCAL MIRROS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 34183 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.8 % / Biso Wilson estimate: 18.007 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.284 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1DAT 解像度: 1.6→25.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 1.168 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.223 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→25.15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.601→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
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