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- PDB-2zbj: Crystal structure of Dioclea rostrata lectin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zbj
タイトルCrystal structure of Dioclea rostrata lectin
要素Lectin alpha chain
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / leguminosae / lectin (レクチン) / diocleinae / dioclea rostrata / Calcium (カルシウム) / Manganese (マンガン) / Metal-binding / Vacuole (液胞)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of histamine secretion by mast cell / aleurone grain / plant-type vacuole / D-mannose binding / carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / リン酸塩 / Lectin alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Dioclea rostrata (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者de Oliveira, T.M. / Delatorre, P. / da Rocha, B.A.M. / de Sousa, E.P. / Nascimento, K.S. / Bezerra, G.A. / Moura, T.R. / Benevides, R.G. / Bezerra, E.H.S. / Moreno, F.B.M.B. ...de Oliveira, T.M. / Delatorre, P. / da Rocha, B.A.M. / de Sousa, E.P. / Nascimento, K.S. / Bezerra, G.A. / Moura, T.R. / Benevides, R.G. / Bezerra, E.H.S. / Moreno, F.B.M.B. / Freire, V.N. / de Azevedo Jr., W.F. / Cavada, B.S.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of Dioclea rostrata lectin: Insights into understanding the pH-dependent dimer-tetramer equilibrium and the structural basis for carbohydrate recognition in Diocleinae lectins
著者: de Oliveira, T.M. / Delatorre, P. / da Rocha, B.A.M. / de Souza, E.P. / Nascimento, K.S. / Bezerra, G.A. / Moura, T.R. / Benevides, R.G. / Bezerra, E.H.S. / Moreno, F.B.M.B. / Freire, V.N. / ...著者: de Oliveira, T.M. / Delatorre, P. / da Rocha, B.A.M. / de Souza, E.P. / Nascimento, K.S. / Bezerra, G.A. / Moura, T.R. / Benevides, R.G. / Bezerra, E.H.S. / Moreno, F.B.M.B. / Freire, V.N. / de Azevedo Jr., W.F. / Cavada, B.S.
履歴
登録2007年10月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lectin alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7034
ポリマ－25,5131
非ポリマー1903
水1,838102
1
A: Lectin alpha chain
ヘテロ分子

A: Lectin alpha chain
ヘテロ分子

A: Lectin alpha chain
ヘテロ分子

A: Lectin alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,81316
ポリマ－102,0534
非ポリマー76012
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area8420 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area32470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.511, 88.220, 87.764
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-266-

HOH

21A-291-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Lectin alpha chain


分子量: 25513.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: seed lectin / 由来: (天然) Dioclea rostrata (マメ科) / 組織: seed種子 / 参照: UniProt: P58908
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Na-HEPES pH 7.5-8.5, 0.4-1.2M sodium potassium tartrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
PH範囲: 7.5-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.05→33.15 Å / Num. all: 15297 / Num. obs: 14526 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 2.1
反射 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Rmerge(I) obs: 0.341 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1H9W

1h9w


解像度: 2.05→33.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 4.83 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2379 766 5 %RANDOM
Rwork0.18679 ---
obs0.18936 14526 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.309 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→33.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1764 0 7 102 1873
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.021815
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9861.952476
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9745230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.6424.6675
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.18915277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.227157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.2285
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021380
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2380.2863
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.21257
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2370.2139
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1210.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2670.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4810.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 66 -
Rwork0.239 1063 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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