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- PDB-2z6q: Ternary structure of Arg165Ala M.HhaI C5-Cytosine DNA methyltrans... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z6q
タイトルTernary structure of Arg165Ala M.HhaI C5-Cytosine DNA methyltransferase with unmodified DNA and AdoHcy
要素
  • DNA (5'-D(*DGP*DAP*DTP*DAP*DGP*DCP*DGP*DCP*DTP*DAP*DTP*DC)-3')
  • DNA (5'-D(*DGP*DCP*DTP*DAP*DTP*DC)-3')
  • DNA (5'-D(*DTP*DGP*DAP*DTP*DAP*DG)-3')
  • Modification methylase HhaI
キーワードTRANSFERASE/DNA / beta-alpha-complex / Methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) / Restriction system / S-adenosyl-L-methionine (S-アデノシルメチオニン) / Transferase (転移酵素) / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNAメチルトランスフェラーゼ / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / DNA restriction-modification system / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA Methylase, subunit A, domain 2 / DNA Methylase; Chain A, domain 2 / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, conserved site / C-5 cytosine-specific DNA methylases C-terminal signature. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / Vaccinia Virus protein VP39 ...DNA Methylase, subunit A, domain 2 / DNA Methylase; Chain A, domain 2 / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, conserved site / C-5 cytosine-specific DNA methylases C-terminal signature. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Alpha-Beta Complex / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYCYTIDINE / S-アデノシル-L-ホモシステイン / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Type II methyltransferase M.HhaI
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus parahaemolyticus (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / Simulation Anealing / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Shieh, F.K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: The role of Arg165 towards base flipping, base stabilization and catalysis in M.HhaI
著者: Shieh, F.K. / Youngblood, B. / Reich, N.O.
履歴
登録2007年8月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年2月17日Group: Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp / pdbx_entity_src_syn ...chem_comp / pdbx_entity_src_syn / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.type / _pdbx_entity_src_syn.details ..._chem_comp.type / _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*DGP*DAP*DTP*DAP*DGP*DCP*DGP*DCP*DTP*DAP*DTP*DC)-3')
D: DNA (5'-D(*DTP*DGP*DAP*DTP*DAP*DG)-3')
E: DNA (5'-D(*DGP*DCP*DTP*DAP*DTP*DC)-3')
A: Modification methylase HhaI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8636
ポリマ－44,2514
非ポリマー6122
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.924, 92.924, 315.781
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

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DNA鎖 , 3種, 3分子 CDE

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*DGP*DAP*DTP*DAP*DGP*DCP*DGP*DCP*DTP*DAP*DTP*DC)-3')


分子量: 3662.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*DTP*DGP*DAP*DTP*DAP*DG)-3')


分子量: 1848.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*DGP*DCP*DTP*DAP*DTP*DC)-3')


分子量: 1784.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#4: タンパク質 Modification methylase HhaI / HHAI METHYLTRANSFERASE / Cytosine-specific methyltransferase HhaI / M.HhaI


分子量: 36956.094 Da / 分子数: 1 / Mutation: R165A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus parahaemolyticus (バクテリア)
遺伝子: hhaIM / プラスミド: pHSHW-5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER1727
参照: UniProt: P05102, DNAメチルトランスフェラーゼ

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非ポリマー , 3種, 82分子

#5: 化合物 ChemComp-DCZ / 2'-DEOXYCYTIDINE / デオキシシチジン / デオキシシチジン


タイプ: DNA OH 5 prime terminus / 分子量: 227.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N3O4
#6: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.51 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM sodium citrate (pH 6.0), ammonium sulfate 1.2M, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1sodium citrate11
2ammonium sulfate11
3H2O11
4sodium citrate12
5ammonium sulfate12
6H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年7月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→10 Å / Num. obs: 13511 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.469 / Mean I/σ(I) obs: 0.409 / Num. unique all: 1463 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: Simulation Anealing / 解像度: 2.79→10 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2
Rfactor反射数
Rfree0.269 -
Rwork0.209 -
all-13518
obs-13168
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.79→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2596 484 42 80 3202
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0073
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.25
LS精密化 シェル解像度: 2.79→2.91 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 --
Rwork0.26 --
obs-1456 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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