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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2z44 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Selenomethionine-labeled ORF134 | ||||||
要素 | ORF134 | ||||||
キーワード | CHAPERONE (シャペロン) / helix bundle (ヘリックスバンドル) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribulose bisphosphate carboxylase complex assembly / カルボキシソーム / 炭素固定 / protein folding chaperone / 光合成 / protein homodimerization activity / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Synechococcus sp. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Tomimoto, Y. / Ihara, K. / Onizuka, T. / Kanai, S. / Ashida, H. / Yokota, A. / Tanaka, S. / Miyasaka, H. / Yamada, Y. / Kato, R. / Wakatsuki, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of ORF134 著者: Tomimoto, Y. / Ihara, K. / Onizuka, T. / Kanai, S. / Ashida, H. / Yokota, A. / Tanaka, S. / Miyasaka, H. / Yamada, Y. / Kato, R. / Wakatsuki, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2z44.cif.gz | 30.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2z44.ent.gz | 24.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2z44.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/2z44 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/2z44 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15471.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechococcus sp. (バクテリア) / 株: PCC7002 / 解説: In vitro translation / プラスミド: pIVEX2.3 / 参照: UniProt: Q44177 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.42 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 50% PEG 200, 0.1M phosphate-citrate pH 4.2, 0.2M NaCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 0.97923, 0.97946, 0.96423 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月29日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 5247 / % possible obs: 98.7 % / Biso Wilson estimate: 64.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.461 / % possible all: 98.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→48.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 12.048 / SU ML: 0.245 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.406 / ESU R Free: 0.301 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53.313 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.498→2.563 Å / Total num. of bins used: 20
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