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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ys0 | ||||||
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タイトル | Solution structure of the Somatomedin B domain of human Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member | ||||||
要素 | Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / E-NPP 1 / Phosphodiesterase I/nucleotide pyrophosphatase 1 / Plasma-cell membrane glycoprotein PC-1 / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 GTP diphosphatase activity / cyclic-GMP-AMP hydrolase activity / negative regulation of hh target transcription factor activity / inorganic diphosphate transport / Vitamin B2 (riboflavin) metabolism / UTP diphosphatase activity / phosphodiesterase I / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate binding / dinucleotide phosphatase activity / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism ...GTP diphosphatase activity / cyclic-GMP-AMP hydrolase activity / negative regulation of hh target transcription factor activity / inorganic diphosphate transport / Vitamin B2 (riboflavin) metabolism / UTP diphosphatase activity / phosphodiesterase I / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate binding / dinucleotide phosphatase activity / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / nucleotide diphosphatase / nucleoside triphosphate catabolic process / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / negative regulation of protein autophosphorylation / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / intracellular phosphate ion homeostasis / nucleic acid metabolic process / sequestering of triglyceride / ATP diphosphatase activity / negative regulation of glycogen biosynthetic process / phosphate ion homeostasis / negative regulation of bone mineralization / melanocyte differentiation / phosphodiesterase I activity / scavenger receptor activity / negative regulation of glucose import / regulation of bone mineralization / phosphate-containing compound metabolic process / exonuclease activity / polysaccharide binding / response to ATP / negative regulation of fat cell differentiation / bone mineralization / phosphatase activity / : / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / ATP metabolic process / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / generation of precursor metabolites and energy / insulin receptor binding / negative regulation of cell growth / cellular response to insulin stimulus / 遺伝子発現 / basolateral plasma membrane / nucleic acid binding / 免疫応答 / lysosomal membrane / calcium ion binding / 細胞膜 / protein homodimerization activity / extracellular space / zinc ion binding / ATP binding / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Abe, H. / Sasagawa, A. / Tochio, N. / Tomizawa, T. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Solution structure of the Somatomedin B domain of human Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 著者: Abe, H. / Sasagawa, A. / Tochio, N. / Tomizawa, T. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE SWISSPROT shows that there is VARIANT AT THIS POSITION |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ys0.cif.gz | 294.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ys0.ent.gz | 255.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ys0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/2ys0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/2ys0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 5841.409 Da / 分子数: 1 / 断片: somatomedin_B / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: cell-free protein synthesis / 遺伝子: ENPP1 / プラスミド: P050118-03 参照: UniProt: P22413, phosphodiesterase I, nucleotide diphosphatase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 0.80mM sample U-15N,13C; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 120mM / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 296 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, target function 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |