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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2yru | ||||||
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タイトル | Solution structure of mouse Steroid receptor RNA activator 1 (SRA1) protein | ||||||
要素 | Steroid receptor RNA activator 1 | ||||||
キーワード | APOPTOSIS (アポトーシス) / SRAP / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 steroid hormone aporeceptor complex / steroid receptor RNA activator RNA binding / SCAR complex / negative regulation of myoblast differentiation / 細胞結合 / cell leading edge / cellular response to estrogen stimulus / regulation of mitotic cell cycle / nuclear receptor coactivator activity / nuclear receptor binding ...steroid hormone aporeceptor complex / steroid receptor RNA activator RNA binding / SCAR complex / negative regulation of myoblast differentiation / 細胞結合 / cell leading edge / cellular response to estrogen stimulus / regulation of mitotic cell cycle / nuclear receptor coactivator activity / nuclear receptor binding / transcription coregulator activity / microtubule cytoskeleton / regulation of apoptotic process / transcription regulator complex / transcription coactivator activity / 細胞分化 / ribonucleoprotein complex / apoptotic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Nameki, N. / Saito, K. / Koshiba, S. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Solution structure of mouse Steroid receptor RNA activator 1 (SRA1) protein 著者: Nameki, N. / Saito, K. / Koshiba, S. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2yru.cif.gz | 713.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2yru.ent.gz | 595.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2yru.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/2yru ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/2yru | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13095.988 Da / 分子数: 1 / 断片: SRA1 domain, UNP residues 90-194 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: cell-free protein synthesis / 遺伝子: Sra1 / プラスミド: P051025-17 / 参照: UniProt: Q80VJ2 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 1.2mM sample U-15N,13C; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 120mM / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, target function 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |