PDB-2yq1: MHV-68 LANA (ORF73) C-terminal domain: triclinic crystal form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2yq1

タイトル

MHV-68 LANA (ORF73) C-terminal domain: triclinic crystal form

要素

ORF73

キーワード

VIRAL PROTEIN / MUHV-4 / MURID HERPESVIRUS 68 / LATENCY- ASSOCIATED NUCLEAR ANTIGEN / LANA-1 / MLANA / DNA-BINDING DOMAIN / ORIGIN-BINDING DOMAIN / OLIGOMERIZATION DOMAIN / KAPOSI'S SARCOMA-ASSOCIATED HERPESVIRUS / KSHV / GAMMAHERPESVIRUS / RHADINOVIRUS / PRIMARY EFFUSION LYMPHOMA / MULTICENTRIC CASTLEMAN'S DISEASE

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell nucleus / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

MURID HERPESVIRUS 4 (ヘルペスウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Hellert, J. / Krausze, J. / Luhrs, T.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2013
タイトル: A Structural Basis for Brd2/4-Mediated Host Chromatin Interaction and Oligomer Assembly of Kaposi Sarcoma-Associated Herpesvirus and Murine Gammaherpesvirus Lana Proteins.
著者: Hellert, J. / Weidner-Glunde, M. / Krausze, J. / Richter, U. / Adler, H. / Fedorov, R. / Pietrek, M. / Ruckert, J. / Ritter, C. / Schulz, T.F. / Luhrs, T.

履歴

登録	2012年11月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月29日	Group: Derived calculations / Other
改定 1.2	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2019年5月22日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.4	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2yq1.cif.gz	219.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2yq1.ent.gz	180.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2yq1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2yq1_validation.pdf.gz	442 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2yq1_full_validation.pdf.gz	446.5 KB	表示
XML形式データ	2yq1_validation.xml.gz	22.5 KB	表示
CIF形式データ	2yq1_validation.cif.gz	30.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/2yq1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/2yq1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2ypyC 2ypzC 2yq0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6upe-1 6upc-2 6upd-2 2ypz-3 2ypy-5 1u4g-d 7ecc-d 6upc-1 2ypz-2 2xng-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ORF73

B: ORF73

C: ORF73

D: ORF73

63.9 kDa, 4 ポリマー
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1

C: ORF73

D: ORF73

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.9 kDa, 2 ポリマー
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2

A: ORF73

B: ORF73

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	35.958, 53.395, 70.859
Angle α, β, γ (deg.)	106.00, 93.47, 109.80
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.21361, -0.26954, 0.939), (0.28261, -0.90304, -0.32351), (0.93515, -0.33448, 0.11672)	-23.99054, 21.51538, 26.31948
2	given	(0.99977, 0.00649, -0.02067), (0.00642, -0.99997, -0.00333), (-0.02069, 0.0032, -0.99978)	0.5938, 12.90218, 77.05668
3	given	(-0.21832, -0.27131, 0.9374), (0.28213, 0.90201, 0.32677), (-0.9342, 0.33581, -0.12038)	-23.77854, -8.78445, 51.0144

#1: タンパク質	ORF73 / MHV-68 LANA / IMMEDIATE-EARLY PROTEIN 分子量: 15968.619 Da / 分子数: 4 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 124-260 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MURID HERPESVIRUS 4 (ヘルペスウイルス) 株: 68 / プラスミド: PET BASED / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O41974
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.37 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 1.5 UL OF 0.3 MM PROTEIN IN 5 MM BISTRIS, PH 6.5, 5 MM DTT WERE ADDED TO 1.5 UL OF 2.0 M SODIUM FORMATE, 15% (W/V) PEG 6000. THE MIXTURE WAS INCUBATED AT 20 DEGREE CENTIGRADE IN A HANGING ...詳細: 1.5 UL OF 0.3 MM PROTEIN IN 5 MM BISTRIS, PH 6.5, 5 MM DTT WERE ADDED TO 1.5 UL OF 2.0 M SODIUM FORMATE, 15% (W/V) PEG 6000. THE MIXTURE WAS INCUBATED AT 20 DEGREE CENTIGRADE IN A HANGING DROP SETUP. CRYSTALS GREW IN A FEW DAYS AND WERE CRYO-PROTECTED BY SHORT SOAKING IN 2.0 M SODIUM FORMATE, 15% (W/V) PEG 6000, 25% (V/V) GLYCEROL.

結晶

マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.37 % / 解説: NONE

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 1.5 UL OF 0.3 MM PROTEIN IN 5 MM BISTRIS, PH 6.5, 5 MM DTT WERE ADDED TO 1.5 UL OF 2.0 M SODIUM FORMATE, 15% (W/V) PEG 6000. THE MIXTURE WAS INCUBATED AT 20 DEGREE CENTIGRADE IN A HANGING ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月5日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.14→50 Å / Num. obs: 24125 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.03 % / B_iso Wilson estimate: 21.93 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.4
反射シェル	解像度: 2.14→2.27 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.34 / % possible all: 80.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→24.062 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 24.99 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: DATA UP TO 2.3 A RESOLUTION WERE INCLUDED FOR REFINEMENT.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2456	993	5 %
R_work	0.2001	-	-
obs	0.2024	19866	95.24 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 38.709 Å² / k_sol: 0.374 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.8435 Å²	-1.93 Å²	-3.643 Å²
2-	-	-5.5569 Å²	-2.0527 Å²
3-	-	-	6.4004 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→24.062 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4145	0	0	205	4350

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	4279
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.009	5810
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.29	1647
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	637
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	732

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3001-2.4213	0.2754	141	0.24	2689	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4213-2.5728	0.3096	142	0.2237	2695	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5728-2.7712	0.2899	142	0.2273	2686	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7712-3.0496	0.2555	144	0.21	2737	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0496-3.4897	0.2326	141	0.1907	2693	X-RAY DIFFRACTION	95
3.4897-4.3923	0.2126	143	0.1691	2704	X-RAY DIFFRACTION	95
4.3923-24.0629	0.2273	140	0.1972	2669	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.291	0.5839	-0.4836	1.0867	-0.9349	0.808	-0.1598	0.0062	0.4541	-0.0265	-0.272	-0.597	0.0274	0.2617	0.2354	0.3523	0.034	-0.0461	0.4927	-0.1199	0.708	4.9181	-6.9246	23.6991
2	2.6134	0.4149	1.8824	1.4378	0.5938	4.5701	-0.2153	0.0805	-0.2746	0.0199	0.1793	-0.025	0.4667	0.2702	0.0641	0.3559	0.0154	0.0669	0.2074	0.0495	0.2056	-7.5272	-14.9068	22.8528
3	0.8375	0.2738	-0.1128	1.163	0.0896	1.5475	0.0526	0.0161	-0.1134	-0.1131	0.1874	-0.1551	0.1496	0.4565	-0.2695	0.161	0.0257	-0.0129	0.1503	-0.0063	0.2497	-6.5454	-3.5078	15.6299
4	1.0968	0.1851	0.2761	1.647	0.2955	1.0436	0.12	-0.0654	-0.3715	0.0206	0.0245	-0.3896	0.0353	-0.1788	-0.0516	0.1545	0.0182	0.0017	0.1871	-0.0356	0.0896	-3.9695	-2.2307	23.1318
5	3.2165	1.08	1.3333	4.4934	-1.9056	1.8803	0.0789	-0.5948	0.411	0.634	0.0241	0.4404	-0.1615	-0.2979	-0.0588	0.458	0.0901	-0.0803	0.1443	-0.0576	0.6563	-12.3513	18.6235	35.1361
6	1.0078	-0.0459	0.0126	1.7619	0.6823	3.2263	-0.07	0.0612	-0.0988	0.1306	-0.2298	0.1626	-0.062	-0.3474	0.2757	0.1121	-0.026	-0.0089	0.1828	-0.0101	0.1111	-9.4091	5.8434	25.8643
7	2.3527	0.5158	-0.6962	3.7966	-2.3581	5.758	0.0201	0.0051	-0.1032	0.1259	-0.1256	0.3619	0.2961	-0.2501	0.1241	0.2291	-0.0103	-0.0463	0.238	-0.0809	0.2818	-16.3569	-5.758	18.9903
8	2.3589	0.2591	-0.5071	4.7603	-3.5476	6.7763	0.0366	-0.347	-0.0328	0.0156	0.0763	0.435	-0.0414	-0.0438	-0.0462	0.1847	0.0536	-0.0124	0.1402	-0.0016	0.1906	-14.9064	1.5891	23.2444
9	3.2227	2.3043	-0.0041	3.7831	-0.8383	7.4982	-0.3323	0.1468	0.0526	-0.3	-0.3486	-0.2991	0.0139	-0.1583	0.3573	0.2726	0.0044	-0.0346	0.2075	-0.0013	0.2545	-2.4942	8.8156	9.897
10	1.5713	0.7426	-0.7455	1.8794	-1.1512	1.9436	0.2921	-0.4335	0.1457	0.9011	-0.2179	-0.0456	-0.4433	0.4786	-0.1837	0.3583	-0.0581	0.0016	0.3123	-0.0567	0.2688	1.389	24.98	30.9385
11	3.5722	2.2657	0.3402	2.9164	-0.482	0.7856	-0.0567	-0.4389	0.5816	0.747	-0.1559	0.7941	-0.1322	-0.4692	0.1771	0.2612	-0.0162	0.0752	0.3159	-0.0747	0.3339	-13.7163	26.2228	25.1052
12	2.0064	0.0618	0.3207	1.1734	-0.0762	1.5442	0.1172	-0.0019	-0.2444	0.0436	-0.0144	0.022	-0.0487	0.0492	-0.0981	0.1313	-0.0284	-0.0048	0.1125	0.0167	0.1848	0.19	14.1893	22.3926
13	4.2239	1.0193	0.1806	2.0207	0.5737	2.1207	0.2921	0.3353	-0.2147	-0.2417	-0.0921	-0.1084	-0.4722	0.071	-0.1889	0.2703	0.0085	-0.0177	0.1844	0.0238	0.2355	-0.6646	22.303	14.8999
14	3.7844	1.441	2.1802	3.0053	-2.1474	4.8495	0.0648	-0.4351	0.192	0.1234	0.0745	0.3441	-0.0826	-0.7536	-0.0889	0.129	0.0349	-0.0106	0.2173	-0.0214	0.2605	-17.271	11.7434	23.4125
15	0.2423	-0.4483	0.4078	0.717	-0.6721	0.6155	-0.0855	-0.0812	-0.1653	0.4455	0.0257	-0.5702	0.2974	0.2677	-0.0132	0.4494	-0.1461	-0.0605	0.5641	-0.1551	0.9964	4.9505	19.7444	53.6232
16	1.46	-0.3931	0.6657	1.3069	-0.2913	2.2682	-0.2461	0.0415	0.0184	0.2826	-0.1385	-0.258	-0.4278	-0.1004	0.2234	0.2977	0.0448	-0.082	0.1378	-0.0115	0.2534	-6.3742	26.3593	59.945
17	0.9693	-0.0479	-0.1775	1.5021	-0.2657	2.7181	-0.02	0.0581	-0.0815	-0.0497	-0.0582	-0.0525	0.0488	-0.0034	0.0838	0.0586	0.0051	0.0075	0.1196	0.0021	0.0958	-6.8368	10.3799	53.4903
18	1.8523	-0.6857	0.4089	2.9726	-0.8566	1.9972	0.031	-0.1218	-0.0453	0.032	-0.0053	0.147	-0.1259	-0.0284	-0.0253	0.1101	0.0021	0.0251	0.1701	-0.0369	0.1333	-12.0713	13.3501	59.6204
19	1.0351	0.2317	0.2675	2.223	-0.0537	1.9375	-0.0078	0.3229	-0.1406	-0.602	-0.0617	-0.086	0.0846	0.4266	0.0898	0.2519	0.0258	-0.0284	0.2492	-0.0329	0.3248	1.5931	-12.1029	46.2621
20	3.8012	-1.4012	-0.1507	1.8699	-0.6528	0.4208	0.0246	0.3733	-1.0824	-0.377	-0.0959	0.2179	0.0554	-0.2242	0.0482	0.3136	-0.0719	-0.098	0.284	-0.0277	0.3495	-13.5151	-13.444	52.1529
21	1.8899	0.009	0.2935	1.8502	0.3102	1.8392	0.0617	-0.0207	0.0266	-0.0776	-0.0361	-0.0156	0.1776	0.0661	-0.0393	0.1079	0.0142	0.0199	0.0806	0.0128	0.111	-1.6461	-3.562	57.2557

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 130:140)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 141:153)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 154:180)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 181:203)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 204:208)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 209:223)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESSEQ 224:241)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESSEQ 242:251)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN A AND (RESSEQ 252:259)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESSEQ 130:153)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESSEQ 154:169)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESSEQ 170:223)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN B AND (RESSEQ 224:251)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN B AND (RESSEQ 252:260)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN C AND (RESSEQ 130:140)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN C AND (RESSEQ 141:163)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN C AND (RESSEQ 164:223)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN C AND (RESSEQ 224:260)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN D AND (RESSEQ 130:153)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN D AND (RESSEQ 154:169)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN D AND (RESSEQ 170:260)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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