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Yorodumi- PDB-2ymd: Crystal structure of a mutant binding protein (5HTBP-AChBP) in co... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2ymd | ||||||
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Title | Crystal structure of a mutant binding protein (5HTBP-AChBP) in complex with serotonin (5-hydroxytryptamine) | ||||||
Components | SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR | ||||||
Keywords | RECEPTOR / PENTAMERIC LIGAND-GATED ION CHANNEL | ||||||
Function / homology | Function and homology information extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / membrane / identical protein binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | APLYSIA CALIFORNICA (California sea hare) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.96 Å | ||||||
Authors | Kesters, D. / Thompson, A.J. / Brams, M. / Elk, R.v. / Spurny, R. / Geitmann, M. / Villalgordo, J.M. / Guskov, A. / Danielson, U.H. / Lummis, S.C.R. ...Kesters, D. / Thompson, A.J. / Brams, M. / Elk, R.v. / Spurny, R. / Geitmann, M. / Villalgordo, J.M. / Guskov, A. / Danielson, U.H. / Lummis, S.C.R. / Smit, A.B. / Ulens, C. | ||||||
Citation | Journal: Embo Rep. / Year: 2013 Title: Structural Basis of Ligand Recognition in 5-Ht(3) Receptors. Authors: Kesters, D. / Thompson, A.J. / Brams, M. / Van Elk, R. / Spurny, R. / Geitmann, M. / Villalgordo, J.M. / Guskov, A. / Helena Danielson, U. / Lummis, S.C. / Smit, A.B. / Ulens, C. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2ymd.cif.gz | 896.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2ymd.ent.gz | 758.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2ymd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/2ymd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/2ymd | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2ymeC 2xysS 4afw S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-1, -0.029, -0.004), Vector: |
-Components
#1: Protein | Mass: 24092.885 Da / Num. of mol.: 10 / Fragment: ACETYLCHOLINE BINDING DOMAIN, RESIDUES 20-231 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) APLYSIA CALIFORNICA (California sea hare) Production host: SPODOPTERA FRUGIPERDA (fall armyworm) / Strain (production host): SF21 / References: UniProt: Q8WSF8 #2: Chemical | ChemComp-SRO / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-PO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | Nonpolymer details | SEROTONIN (SRO): SYNONYM 5-HYDROXYTRY | Sequence details | THE CONFLICTS BETWEEN THE UNIPROT AND PROTEIN SEQUENCE ARE DUE TO DIFFERENCES IN THE CLONING METHOD ...THE CONFLICTS BETWEEN THE UNIPROT AND PROTEIN SEQUENCE ARE DUE TO DIFFERENCE | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.21 Å3/Da / Density % sol: 61.41 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Details: 400 MM (NH4)H2PO4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 2, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.96→46.9 Å / Num. obs: 249028 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 22.28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.01 / Net I/σ(I): 6.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.96→2.19 Å / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 99.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2XYS Resolution: 1.96→46.903 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.42 / Phase error: 19.56 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 2 Å2 / ksol: 2 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 29.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.96→46.903 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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