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- PDB-2y4a: Unexpected tricovalent binding mode of boronic acids within the a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y4a
タイトルUnexpected tricovalent binding mode of boronic acids within the active site of a penicillin binding protein
要素D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASEMuramoylpentapeptide carboxypeptidase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / PEPTIDOGLYCAN (ペプチドグリカン) / TETRAVALENT BORON
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / response to antibiotic / タンパク質分解 / extracellular region
類似検索 - 分子機能
D-Ala-D-Ala carboxypeptidase C, peptidase S13 / Peptidase S13, D-Ala-D-Ala carboxypeptidase C / D-Ala-D-Ala carboxypeptidase 3 (S13) family / D-tyrosyl-trna(Tyr) Deacylase; Chain: A; / Β-ラクタマーゼ / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / 3-Layer(bba) Sandwich / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
{[(2-chlorobenzoyl)amino]methyl}boronic acid / D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種ACTINOMADURA SP (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Sauvage, E. / Zervosen, A. / Herman, R. / Kerff, F. / Rocaboy, M. / Charlier, P.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2011
タイトル: Unexpected Tricovalent Binding Mode of Boronic Acids within the Active Site of a Penicillin- Binding Protein.
著者: Zervosen, A. / Herman, R. / Kerff, F. / Herman, A. / Bouillez, A. / Prati, F. / Pratt, R.F. / Frere, J.M. / Joris, B. / Luxen, A. / Charlier, P. / Sauvage, E.
履歴
登録2011年1月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月22日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: pdbx_database_proc / pdbx_database_status ...pdbx_database_proc / pdbx_database_status / refine / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE
B: D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE
C: D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE
D: D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,46032
ポリマ－190,5884
非ポリマー2,87228
水2,918162
1
A: D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3899
ポリマ－47,6471
非ポリマー7428
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3417
ポリマ－47,6471
非ポリマー6946
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3417
ポリマ－47,6471
非ポリマー6946
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3899
ポリマ－47,6471
非ポリマー7428
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.308, 91.568, 106.871
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.37, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE / Muramoylpentapeptide carboxypeptidase / DD-PEPTIDASE / DD-CARBOXYPEPTIDASE / PENICILLIN-BINDING PROTEIN / PBP


分子量: 47647.004 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 50-515 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ACTINOMADURA SP (バクテリア) / 株: R39
参照: UniProt: P39045, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: 化合物
ChemComp-BH6 / {[(2-chlorobenzoyl)amino]methyl}boronic acid


分子量: 213.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H9BClNO3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.5 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6 / 詳細: pH 6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 1.0724
検出器日付: 2009年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→46.1 Å / Num. obs: 53645 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XDM

2xdm


解像度: 2.7→46.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 25.52 / SU ML: 0.294 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.324 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 2734 5.1 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.189 50895 97.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å20 Å2-0.23 Å2
2--0.08 Å20 Å2
3----0.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→46.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13394 0 156 162 13712
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02113770
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.471.97418834
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.451858
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.51925.47574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.089151920
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5021568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.22172
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02110676
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.591.59178
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.115214556
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6534592
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6724.54278
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 181 -
Rwork0.308 3712 -
obs--96.43 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.16195.64786.05677.88268.5459.30670.27330.5252-0.49850.65750.5143-0.70440.84640.3821-0.78760.5484-0.284-0.14750.61650.20870.5972-15.592-28.50537.424
20.50160.458-0.28710.57840.21021.6109-0.12410.1051-0.1066-0.08610.0819-0.11830.2446-0.18030.04220.3032-0.03630.00940.2457-0.04890.33860.242-15.18134.957
32.6510.44490.50010.46870.33780.9584-0.01430.04650.1525-0.0106-0.0164-0.02710.00920.0330.03060.2510.0181-0.01820.2921-0.03150.320218.43412.60642.685
41.8535-0.98340.08621.0987-0.00650.014-0.0691-0.04690.01420.03220.02590.04350.00580.02650.04320.29050.02230.01110.3415-0.02170.3151-1.85721.9842.973
50.87250.48060.0660.49220.14110.267-0.04110.05490.01190.0530.0601-0.04450.1309-0.01-0.0190.2831-0.00190.0170.3102-0.01770.31519.802-4.21240.611
61.4260.1194-0.5050.17380.33784.8382-0.24940.0069-0.1268-0.03350.1132-0.11420.5635-0.5070.13610.2805-0.14670.0260.3335-0.00310.286-10.091-18.17242.45
71.05911.07995.21527.1395.490725.7097-0.2608-0.05130.0626-2.0492-0.18180.2674-1.8872-0.17890.44260.7991-0.03520.05510.29730.17960.416354.56147.75714.709
80.29230.07680.3630.3612-0.26681.4591-0.0175-0.07310.07530.02390.11070.0888-0.1856-0.2305-0.09320.28120.08050.04260.267-0.00480.329955.81326.71139.89
90.4634-0.1216-0.5810.05170.06931.1634-0.0022-0.07610.02680.0136-0.0077-0.00970.04350.10020.00990.2832-0.0181-0.00420.30230.00960.356671.46510.24846.92
100.6452-0.58850.91751.1884-2.20655.04030.0562-0.10650.06780.1607-0.0142-0.04580.02420.0123-0.04210.2796-0.04410.02870.264-0.04350.241162.46112.58365.225
110.55590.1852-0.32830.8387-1.11361.5740.05190.0074-0.02690.12980.04080.0325-0.3011-0.1536-0.09260.33120.0580.03260.246-0.01240.329356.5329.56337.574
122.92142.29151.29667.22221.14651.5966-0.0685-0.02650.1443-0.344-0.00340.1307-0.4096-0.08530.07190.39220.09040.03820.14460.04460.319161.94339.22924.261
135.0023-3.9114-3.433714.47060.28699.6170.22310.8320.4479-0.3748-0.02770.0533-0.91890.0195-0.19540.3010.0408-0.03150.30640.07430.342214.05392.571-30.899
140.2289-0.04940.03920.7529-0.04950.0421-0.0403-0.05490.12360.07030.05680.0563-0.0533-0.1071-0.01650.28890.04140.03810.3642-0.02510.32089.40375.541-12.664
150.5911-0.2246-0.23810.7386-0.79621.88010.0134-0.0821-0.08050.04140.04220.04090.0399-0.0167-0.05560.294-0.01950.00860.3015-0.00610.298317.12353.6323.678
162.8138-0.5277-1.58230.10630.38662.2534-0.1098-0.0449-0.11460.04230.02140.00450.25780.11960.08830.3048-0.0221-0.00730.22420.01220.371531.81249.175-11.064
170.5691-0.14060.15310.7271-0.66430.82440.0124-0.06960.07580.0434-0.00770.0326-0.0113-0.0901-0.00470.2902-0.01230.04250.2896-0.03810.3189.43965.244-1.979
181.2363-0.48260.10961.6428-0.19021.0315-0.0621-0.01890.13840.03020.0501-0.0784-0.1712-0.05540.0120.3004-0.00190.00940.2328-0.03760.35220.42682.673-17.48
190.33080.3674-0.27960.9191-0.53190.4189-0.3864-0.143-0.323-0.3996-0.0006-0.46290.3173-0.05780.3870.44720.12420.30370.30830.12640.634450.55770.6321.704
201.9548-2.19571.08383.2501-0.40254.1193-0.0707-0.2436-0.0979-0.43150.51190.2978-0.1178-0.5561-0.44120.4263-0.2032-0.15110.40970.26520.343318.347100.1893.549
211.88371.4029-0.87031.5945-1.38391.4577-0.12220.0165-0.0146-0.0831-0.0521-0.14340.0131-0.05030.17420.29610.00160.03440.24610.00660.336445.481102.69211.057
221.24750.48190.20272.2445-1.34961.1718-0.26960.04550.206-0.44520.41640.07310.2216-0.3781-0.14670.3312-0.1148-0.02920.34410.06990.262528.09696.3317.362
231.6080.6437-1.07011.1409-0.4161.4993-0.4254-0.1637-0.2885-0.32690.0703-0.26410.2788-0.17810.35510.3737-0.01550.18880.1658-0.00020.408942.3277.25718.008
242.0240.615-0.6170.52270.36065.5897-0.3641-0.2535-0.8643-0.173-0.2421-0.43090.2071-0.07980.60620.2570.05010.32840.1240.1330.788557.49669.49814.676
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 11
2X-RAY DIFFRACTION2A12 - 71
3X-RAY DIFFRACTION3A72 - 166
4X-RAY DIFFRACTION4A167 - 250
5X-RAY DIFFRACTION5A251 - 423
6X-RAY DIFFRACTION6A424 - 466
7X-RAY DIFFRACTION7B1 - 6
8X-RAY DIFFRACTION8B7 - 93
9X-RAY DIFFRACTION9B94 - 249
10X-RAY DIFFRACTION10B250 - 288
11X-RAY DIFFRACTION11B289 - 423
12X-RAY DIFFRACTION12B424 - 465
13X-RAY DIFFRACTION13C1 - 14
14X-RAY DIFFRACTION14C15 - 78
15X-RAY DIFFRACTION15C79 - 163
16X-RAY DIFFRACTION16C164 - 250
17X-RAY DIFFRACTION17C251 - 373
18X-RAY DIFFRACTION18C374 - 465
19X-RAY DIFFRACTION19D1 - 71
20X-RAY DIFFRACTION20D72 - 125
21X-RAY DIFFRACTION21D126 - 231
22X-RAY DIFFRACTION22D232 - 299
23X-RAY DIFFRACTION23D300 - 419
24X-RAY DIFFRACTION24D420 - 466

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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