+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2y0d | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | BceC mutation Y10K | ||||||
要素 | UDP-GLUCOSE DEHYDROGENASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / CARBOHYDRATE SYNTHESIS / EXOPOLYSACCHARIDE (細胞外高分子物質) / CYSTIC FIBROSIS (嚢胞性線維症) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 UDP-グルコース-6-デヒドロゲナーゼ / UDP-glucose 6-dehydrogenase activity / UDP-glucuronate biosynthetic process / polysaccharide biosynthetic process / NAD binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | BURKHOLDERIA CEPACIA (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Rocha, J. / Popescu, A.O. / Borges, P. / Mil-Homens, D. / Sa-Correia, I. / Fialho, A.M. / Frazao, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2011 タイトル: Structure of Burkholderia Cepacia Udp-Glucose Dehydrogenase (Ugd) Bcec and Role of Tyr10 in Final Hydrolysis of Ugd Thioester Intermediate. 著者: Rocha, J. / Popescu, A.O. / Borges, P. / Mil-Homens, D. / Moreira, L.M. / Sa-Correia, I. / Fialho, A.M. / Frazao, C. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010 タイトル: Cloning, Expression, Purification, Crystallization and Preliminary Crystallographic Studies of Bcec, a Udp-Glucose Dehydrogenase from Burkholderia Cepacia Ist408. 著者: Rocha, J. / Popescu, A.O. / Sa-Correia, I. / Fialho, A.M. / Frazao, C. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2y0d.cif.gz | 680.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2y0d.ent.gz | 562.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2y0d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/2y0d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/2y0d | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper:
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52261.988 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) BURKHOLDERIA CEPACIA (バクテリア) 株: IST 408 / プラスミド: PBCEC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): SURE 参照: UniProt: C9E261, UDP-グルコース-6-デヒドロゲナーゼ #2: 化合物 | ChemComp-UGA / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / 構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 10 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TYR 10 TO LYS ...ENGINEERED | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.9 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: AT 293 K UPON VAPOR DIFFUSION OF SITTING DROPS OF 1 MICRO-LITER PROTEIN SOLUTION (5 MG/ML PROTEIN, 25 MM TRIS-HCL PH 8.3, 50 MM NACL, 2.5 MM DTT, 0.25 MM UDP-GLCA, AND 0.5 MM OXIDIZED NAD), ...詳細: AT 293 K UPON VAPOR DIFFUSION OF SITTING DROPS OF 1 MICRO-LITER PROTEIN SOLUTION (5 MG/ML PROTEIN, 25 MM TRIS-HCL PH 8.3, 50 MM NACL, 2.5 MM DTT, 0.25 MM UDP-GLCA, AND 0.5 MM OXIDIZED NAD), AND 1 MICRO-LITER WELL SOLUTION (200 MM AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE PH 4.5, 11-14 % (W/V) PEG 4K, AND 50 MM NAF), EQUILIBRATED AGAINST 500 MICRO-LITER PRECIPITATION SOLUTION IN THE WELL. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9334 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→57.83 Å / Num. obs: 50832 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 27.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.22 / Net I/σ(I): 2.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: NATIVE BCEC WITH TYR 10 TRUNCATED TO ALA 解像度: 2.8→54.63 Å / SU ML: 1.02 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.16 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 13.37 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.8 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→54.63 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|