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- PDB-2xwl: Crystal structure of IspD from Mycobacterium smegmatis in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xwl
タイトルCrystal structure of IspD from Mycobacterium smegmatis in complex with CTP and Mg
要素2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL 4-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / MEP PATHWAY (非メバロン酸経路)
機能・相同性
機能・相同性情報


2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase, conserved site / Cytidylyltransferase IspD/TarI / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase signature. / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Bjorkelid, C. / Bergfors, T. / Unge, T. / Jones, T.A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: Structural and Functional Studies on Mycobacterial Ispd Enzymes
著者: Bjorkelid, C. / Bergfors, T. / Henriksson, L.M. / Stern, A.L. / Unge, T. / Mowbray, S.L. / Jones, T.A.
履歴
登録2010年11月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月1日Group: Database references / Version format compliance
改定 1.22019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32019年5月15日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL 4-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE
B: 2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL 4-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3516
ポリマ－45,3362
非ポリマー1,0154
水8,467470
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4650 Å2
ΔGint-32.5 kcal/mol
Surface area18300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.330, 72.980, 117.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.7586, 0.6223, 0.1932), (0.637, 0.646, 0.4206), (0.137, 0.4421, -0.8864)
ベクター: -26.3436, -2.122, 45.9673)

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要素

#1: タンパク質 2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL 4-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE / / 4-DIPHOSPHOCYTIDYL-2C-METHYL-D-ERYTHRITOL SYNTHASE / MEP CYTIDYLYL TRANSFERASE / CDP-ME SYNTHETASE / ISPD


分子量: 22667.855 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-219 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア)
株: MC2 / プラスミド: PEXP5CT/TOPO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): AI
参照: UniProt: A0R560, 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP / シチジン三リン酸


分子量: 483.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O14P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 470 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.23 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: SITTING-DROP VAPOR-DIFFUSION METHOD AT 293 K. DROPS WITH 300 NANOLITERS PROTEIN SOLUTION (PROTEIN AT 40 MG/ML IN 20 MM BIS-TRIS-PROPANE, PH 6.5, 0.1 M NACL WITH 10 MM CTP AND 10 MM MGCL2) AND ...詳細: SITTING-DROP VAPOR-DIFFUSION METHOD AT 293 K. DROPS WITH 300 NANOLITERS PROTEIN SOLUTION (PROTEIN AT 40 MG/ML IN 20 MM BIS-TRIS-PROPANE, PH 6.5, 0.1 M NACL WITH 10 MM CTP AND 10 MM MGCL2) AND 300 NANOLITERS SCREENING/RESERVOIR SOLUTION (10% (W/V) PEG 8000, 20% (V/V) ETHYLENE GLYCOL, 0.03 M EACH OF DIETHYLENEGLYCOL, TRIETHYLENEGLYCOL, TETRAETHYLENEGLYCOL, PENTAETHYLENEGLYCOL AND 0.1 M MES/IMIDAZOLE BUFFERS PH 6.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.0045
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0045 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→38.5 Å / Num. obs: 64486 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 1.49→1.57 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0060精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VGT

1vgt


解像度: 1.49→61.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 1.203 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 3262 5.1 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.186 61154 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.08 Å20 Å20 Å2
2---0.84 Å20 Å2
3----0.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.49→61.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3166 0 60 470 3696
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0223309
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2924547
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1735449
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.70323.009113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.76915473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.621526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2563
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212472
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.49→1.53 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 239 -
Rwork0.229 4441 -
obs--99.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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