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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xpi | ||||||
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タイトル | Crystal structure of APC/C hetero-tetramer Cut9-Hcn1 | ||||||
要素 |
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キーワード | CELL CYCLE (細胞周期) / TPR / UBIQUITIN LIGASE (ユビキチンリガーゼ) / E3 / CELL DIVISION (細胞分裂) / N-ACETYLATION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / : / : / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / : / Separation of Sister Chromatids / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / : / pericentric heterochromatin => GO:0005721 ...: / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / : / : / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / : / Separation of Sister Chromatids / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / : / pericentric heterochromatin => GO:0005721 / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of exit from mitosis / 後期促進複合体 / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / protein ubiquitination / 細胞分裂 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, Z. / Kulkarni, K.A. / Barford, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2010 タイトル: The Apc/C Subunit Cdc16/Cut9 is a Contiguous Tetratricopeptide Superhelix with a Homo-Dimer Interface Similar to Cdc27 著者: Zhang, Z. / Kulkarni, K.A. / Hanrahan, S.J. / Thompson, A.J. / Barford, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2xpi.cif.gz | 428 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2xpi.ent.gz | 366.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2xpi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/2xpi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/2xpi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 67552.539 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-597 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母) プラスミド: PFBDM / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P41889 #2: タンパク質 | 分子量: 9113.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母) プラスミド: PFBDM / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O13916 #3: 化合物 | ChemComp-AUC / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | BREAKS IN THE POLYPEPTID | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.56 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 100 MM HEPES (PH 7.5), 100 MM SODIUM ACETATE, 12.5% (W/V) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 1.0397 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0397 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→78.61 Å / Num. obs: 45418 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 55.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 96.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 2.6→54.394 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.94 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.189 Å2 / ksol: 0.346 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→54.394 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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