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- PDB-2xaa: Alcohol dehydrogenase ADH-'A' from Rhodococcus ruber DSM 44541 at... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xaa
タイトルAlcohol dehydrogenase ADH-'A' from Rhodococcus ruber DSM 44541 at pH 8.5 in complex with NAD and butane-1,4-diol
要素SECONDARY ALCOHOL DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / CARBONYL REDUCTASE / KETOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / アルコールデヒドロゲナーゼ / nucleotide binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase ...Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-ブタンジオール / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / アルコールデヒドロゲナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種RHODOCOCCUS RUBER (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kroutil, W. / Gruber, K. / Grogan, G.
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2010
タイトル: Structural Insights Into Substrate Specificity and Solvent Tolerance in Alcohol Dehydrogenase Adh-'A' from Rhodococcus Ruber Dsm 44541.
著者: Karabec, M. / Lyskowski, A. / Tauber, K.C. / Steinkellner, G. / Kroutil, W. / Grogan, G. / Gruber, K.
履歴
登録2010年3月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SECONDARY ALCOHOL DEHYDROGENASE
B: SECONDARY ALCOHOL DEHYDROGENASE
C: SECONDARY ALCOHOL DEHYDROGENASE
D: SECONDARY ALCOHOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,33219
ポリマ－140,8844
非ポリマー3,44715
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16010 Å2
ΔGint-256 kcal/mol
Surface area44340 Å2
手法PISA
2
A: SECONDARY ALCOHOL DEHYDROGENASE
D: SECONDARY ALCOHOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,1219
ポリマ－70,4422
非ポリマー1,6797
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5990 Å2
ΔGint-116.2 kcal/mol
Surface area24160 Å2
手法PISA
3
B: SECONDARY ALCOHOL DEHYDROGENASE
C: SECONDARY ALCOHOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,21110
ポリマ－70,4422
非ポリマー1,7698
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6380 Å2
ΔGint-119.9 kcal/mol
Surface area23830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.674, 105.100, 109.176
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.27, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 345 / Label seq-ID: 1 - 345

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.982, -0.1585, 0.1031), (-0.157, -0.9873, -0.023), (0.1054, 0.006406, -0.9944)-2.518, 1.592, 51.24
2given(-0.9822, 0.1531, -0.1085), (0.1557, 0.342, -0.9267), (-0.1048, -0.9271, -0.3598)31.02, 21.83, 36.94
3given(-1, -0.002726, 0.0049), (0.00555, -0.3561, 0.9344), (0.000802, 0.9344, 0.3561)28.23, -25.58, 17.63

-
要素

#1: タンパク質
SECONDARY ALCOHOL DEHYDROGENASE / ADH-'A'


分子量: 35221.113 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 1-345 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RHODOCOCCUS RUBER (バクテリア) / 株: DSM 44541 / 解説: DSM / プラスミド: PET22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TUNER (DE3)
参照: UniProt: Q8KLT9, アルコールデヒドロゲナーゼ
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-BU1 / 1,4-BUTANEDIOL / 1,4-ブタンジオ-ル / 1,4-ブタンジオール


分子量: 90.121 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: 100 MM BISTRIS PROPANE BUFFER PH 8.5, 20% (W/V) PEG MW 4000, 5 MM CDCL2, 6% V/V 2-PROPANOL, 5% (V/V) 1, 4-BUTANEDIOL. PROTEIN AT 10 MG/ML

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9789
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→109.5 Å / Num. obs: 34356 / % possible obs: 9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 87.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3JV7

3jv7


解像度: 2.8→109.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 15.282 / SU ML: 0.299 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.399 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25756 1807 5 %RANDOM
Rwork0.18816 ---
obs0.1916 34356 98.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.79 Å20 Å20.94 Å2
2--3.02 Å20 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→109.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9731 0 202 142 10075
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02210136
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6351.9913859
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.40351354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.41322.65351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.195151379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2641571
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.21621
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0217683
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5031.56708
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.947210665
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4233428
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4224.53193
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2341 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.380.5
2Bmedium positional0.330.5
3Cmedium positional0.320.5
4Dmedium positional0.310.5
1Amedium thermal1.012
2Bmedium thermal0.812
3Cmedium thermal0.952
4Dmedium thermal0.862
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 101 -
Rwork0.239 2238 -
obs--87.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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