PDB-2x6k: THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE DROSOPHILA CLASS III PI3-KINASE VPS3...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2x6k

タイトル

THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE DROSOPHILA CLASS III PI3-KINASE VPS34 IN COMPLEX WITH PI-103

要素

PHOSPHOTIDYLINOSITOL 3 KINASE 59F

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / PI103 / PI-103 /

AUTOPHAGY (オートファジー) / PI3K CLASS III / PHOSPHOINOSITIDE 3-KINASE CLASS III

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of nurse cell apoptotic process /

omegasome / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / larval midgut cell programmed cell death /

オートファジー / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II ...
類似検索 - 分子機能

Phosphatidylinositol 3-kinase, Vps34 type / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain /

Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / Phosphoinositide 3-kinase C2 /

Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Miller, S. / Tavshanjian, B. / Oleksy, A. / Perisic, O. / Houseman, B.T. / Shokat, K.M. / Williams, R.L.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: Shaping Development of Autophagy Inhibitors with the Structure of the Lipid Kinase Vps34.
著者: Miller, S. / Tavshanjian, B. / Oleksy, A. / Perisic, O. / Houseman, B.T. / Shokat, K.M. / Williams, R.L.

履歴

登録	2010年2月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2x6k.cif.gz	235.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2x6k.ent.gz	187.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2x6k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/2x6k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/2x6k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2x6fC 2x6hSC 2x6iC 2x6jC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2x6j-d 2x6i-d 2x6h-d 2x6f-d 4lxk-d 5qcp-d 3qbh-d 4lxm-d 3s96-d 4trz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (20) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PHOSPHOTIDYLINOSITOL 3 KINASE 59F

B: PHOSPHOTIDYLINOSITOL 3 KINASE 59F

ヘテロ分子

159 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.440, 155.680, 244.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	24
Space group name H-M	I2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	6	A	329 - 565
2	1	1	6	B	329 - 565
1	2	1	6	A	606 - 619
2	2	1	6	B	606 - 619
1	3	1	6	A	631 - 634
2	3	1	6	B	631 - 634
1	4	1	6	A	706 - 769
2	4	1	6	B	706 - 769
1	5	1	6	A	786 - 804
2	5	1	6	B	786 - 804
1	6	1	6	A	833 - 949
2	6	1	6	B	833 - 949

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.007605, -0.1132, -0.9935), (0.001212, -0.9936, -0.1132), (-1, -0.000343, 0.007693)
ベクター: 69.65, 109.4, 63.2)

#1: タンパク質	PHOSPHOTIDYLINOSITOL 3 KINASE 59F / GH13170P / VPS34 分子量: 78765.469 Da / 分子数: 2 / 断片: HELICAL DOMAIN, KINASE DOMAIN, RESIDUES 258-949 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 RIPL 参照: UniProt: Q9W1M7, PI3キナーゼ, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase, phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-X6K / 3-(4-MORPHOLIN-4-YLPYRIDO[3',2':4,5]FURO[3,2-D]PYRIMIDIN-2-YL)PHENOL / PI-103 / PI-103 分子量: 348.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₆N₄O₃
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLY 455 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLY 455 TO ALA

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.25 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLISED IN 0.88M AMMONIUM SULPHATE, 100MM DI-POTASSIUM HYDROGEN PHOSPHATE AND 100MM DI-SODIUM HYDROGEN PHOSPHATE (TITRATED TO PH 7.5 WITH ORTHOPHOSPHORIC ACID). PROTEIN WAS ...詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLISED IN 0.88M AMMONIUM SULPHATE, 100MM DI-POTASSIUM HYDROGEN PHOSPHATE AND 100MM DI-SODIUM HYDROGEN PHOSPHATE (TITRATED TO PH 7.5 WITH ORTHOPHOSPHORIC ACID). PROTEIN WAS SOAKED WITH 0.5MM PI-103 IN MOTHER LIQUOR.

結晶

マシュー密度: 4.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.25 % / 解説: NONE

結晶化

pH: 7.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLISED IN 0.88M AMMONIUM SULPHATE, 100MM DI-POTASSIUM HYDROGEN PHOSPHATE AND 100MM DI-SODIUM HYDROGEN PHOSPHATE (TITRATED TO PH 7.5 WITH ORTHOPHOSPHORIC ACID). PROTEIN WAS ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9794
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.87→77.84 Å / Num. obs: 27069 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 1.3 / 冗長度: 3.56 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 6.46
反射シェル	解像度: 3.5→3.69 Å / 冗長度: 3.64 % / R_merge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 1.33 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2X6H

2x6h

解像度: 3.5→61.74 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.875 / SU B: 76.068 / SU ML: 0.536 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.626 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.296	1340	5 %	RANDOM
R_work	0.235	-	-	-
obs	0.238	25729	99.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 75.26 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.19 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.5→61.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8995	0	67	0	9062

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	9286
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.66	1.972	12581
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	25.182	7.733	2415
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.739	23.796	432
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	23.104	15	1662
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.918	15	54
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	1393
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	6942
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.28	0.2	5224
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.323	0.2	6406
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.232	0.2	262
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.72	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.468	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.894	1.5	5511
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.448	2	8941
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.953	3	3775
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.72	4.5	3640
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2788 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	loose positional	0.67	5
2	B	loose thermal	3.53	10

LS精密化シェル

解像度: 3.5→3.59 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.388	95	-
R_work	0.329	1890	-
obs	-	-	99.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4533	1.0126	0.3569	3.1504	0.8881	0.2939	0.0417	-0.2874	0.1253	0.1426	-0.175	0.3924	0.064	-0.1689	0.1333	0.3735	0.0047	0.0539	0.4907	0.0929	0.2465	15.3739	57.5176	46.0646
2	0.9442	1.9345	0.9075	4.2261	1.8631	1.0538	-0.1152	-0.0573	-0.0469	-0.451	0.0505	-0.2002	-0.1689	0.0307	0.0646	0.3084	-0.0616	0.0895	0.1725	-0.0159	0.2007	25.6202	56.9494	34.8978
3	0.6079	0.5206	0.3839	1.3526	1.1121	1.521	-0.1017	0.134	-0.0475	-0.1675	0.281	-0.1648	-0.0671	0.3491	-0.1792	0.2089	0.0517	0.0716	0.2184	0.0567	0.2052	33.438	57.858	28.0252
4	0.3593	-0.0479	0.4762	1.1117	0.429	1.21	-0.1477	0.0326	-0.01	-0.2153	0.2576	-0.0379	-0.0532	0.2343	-0.1099	0.2774	-0.0888	0.0455	0.3753	-0.0592	0.1559	33.8388	56.9875	28.9148

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	291 - 422
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	291 - 422
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	531 - 586
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	531 - 586
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	587 - 748
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	587 - 748
7	X-RAY DIFFRACTION	4	A	749 - 948
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	749 - 949

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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