PDB-2x2j: Crystal structure of the Gracilariopsis lemaneiformis alpha- 1,4-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2x2j

タイトル

Crystal structure of the Gracilariopsis lemaneiformis alpha- 1,4-glucan lyase with deoxynojirimycin

要素

ALPHA-1,4-GLUCAN LYASE ISOZYME 1

キーワード

LYASE (リアーゼ) / STARCH BINDING DOMAIN / ANHYDROFRUCTOSE PATHWAY /

GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 31

機能・相同性

機能・相同性情報

exo-(1,4)-alpha-D-glucan lyase activity / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds /

carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

GRACILARIOPSIS LEMANEIFORMIS (真核生物)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Rozeboom, H.J. / Yu, S. / Madrid, S. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure of Alpha-1,4-Glucan Lyase, a Unique Glycoside Hydrolase Family Member with a Novel Catalytic Mechanism.
著者: Rozeboom, H.J. / Yu, S. / Madrid, S. / Kalk, K.H. / Zhang, R. / Dijkstra, B.W.

履歴

登録	2010年1月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月14日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2013年9月25日	Group: Database references
改定 1.3	2017年7月5日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.4	2019年1月30日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.5	2019年2月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.6	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BL" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2x2j.cif.gz	1.6 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2x2j.ent.gz	1.3 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2x2j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/2x2j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/2x2j	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2x2hSC 2x2iC 4amwC 4amxC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4amx-3 2x2i-4 2x2h-3 4amx-4 1qcn-d 3l4x-d 2x2i-2 2x2h-4 2x2h-1 1qco-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ALPHA-1,4-GLUCAN LYASE ISOZYME 1

B: ALPHA-1,4-GLUCAN LYASE ISOZYME 1

C: ALPHA-1,4-GLUCAN LYASE ISOZYME 1

D: ALPHA-1,4-GLUCAN LYASE ISOZYME 1

ヘテロ分子

466 kDa, 4 ポリマー
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1

A: ALPHA-1,4-GLUCAN LYASE ISOZYME 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
117 kDa, 1 ポリマー
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2

B: ALPHA-1,4-GLUCAN LYASE ISOZYME 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
116 kDa, 1 ポリマー
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3

C: ALPHA-1,4-GLUCAN LYASE ISOZYME 1

ヘテロ分子

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4

D: ALPHA-1,4-GLUCAN LYASE ISOZYME 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
116 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	134.314, 91.707, 192.899
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.33, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: NOJ / End label comp-ID: NOJ / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 14 - 1050 / Label seq-ID: 3

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A - E
2	B	B - L
3	C	C - O
4	D	D - U

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.7329, -0.5877, 0.3428), (-0.5797, 0.2756, -0.7668), (0.3562, -0.7607, -0.5426)	13.17, 35.26, 48.11
2	given	(0.7317, -0.5902, -0.3411), (0.5788, 0.2734, 0.7683), (-0.3601, -0.7596, 0.5416)	-19.15, -117, 68.2

#1: タンパク質	ALPHA-1,4-GLUCAN LYASE ISOZYME 1 分子量: 116062.156 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 62-1088 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) GRACILARIOPSIS LEMANEIFORMIS (真核生物) 解説: REPLICATING VECTOR WITH HARS SEQUENCE. COLLECTED AT TAPING BAY, TSINGTAO, CHINA 発現宿主: PICHIA ANGUSTA (菌類) / 株 (発現宿主): RB11 / 参照: UniProt: Q9STC1, EC: 4.2.2.13
#2: 化合物	ChemComp-NOJ / 1-DEOXYNOJIRIMYCIN / MORANOLINE / 1-デオキシノジリマイシン / 1-デオキシノジリマイシン分子量: 163.172 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄ / コメント: 阻害剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1577 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	FIRST 50 AMINO ACIDS ARE A SIGNAL PEPTIDE. THE NEXT 11 AMINO ACIDS ARE NOT PRESENT IN THE ENZYME.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 18-21% PEG 8000, 0.1 M SODIUM ACETATE, PH 5.0-5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K

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データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MAC Science DIP-2030 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年3月1日 / 詳細: OSMIC MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 175340 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 33.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.21 / Net I/σ(I): 4.3
反射シェル	解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 85.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2X2H

2x2h

解像度: 2.35→33.19 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / SU B: 27.018 / SU ML: 0.276 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.625 / ESU R Free: 0.326 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. U VALUES WITH TLS ADDED.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29121	8712	5 %	RANDOM
R_work	0.23387	-	-	-
obs	0.23673	166607	90.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.07 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.57 Å²	0 Å²	-2.95 Å²
2-	-	-1.99 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→33.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	32648	0	114	1577	34339

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	33627
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.301	1.929	45727
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.938	5.019	4104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.389	24.634	1804
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.103	15	5140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.333	15	188
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	4696
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	26816
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0	1.5	20308
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.004	2	32752
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.117	3	13319
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.148	4.5	12975
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 8173 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	medium positional	0.26	0.5
2	B	medium positional	0.25	0.5
3	C	medium positional	0.26	0.5
4	D	medium positional	0.25	0.5
1	A	medium thermal	0.05	2
2	B	medium thermal	0.05	2
3	C	medium thermal	0.05	2
4	D	medium thermal	0.04	2

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.39	584	-
R_work	0.343	11083	-
obs	-	-	82.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5357	-0.1388	0.6606	0.8925	-0.2947	0.9675	0.0455	-0.0443	0.0119	0.0807	-0.0555	0.1502	0.0279	-0.1624	0.0099	0.4562	-0.0023	0.113	0.5144	-0.0082	0.4302	38.461	3.39	99.334
2	0.4309	-0.1205	0.1008	0.6325	0.3272	1.3032	-0.0691	0.0094	0.0759	0.0991	0.0268	-0.0949	-0.1665	0.146	0.0424	0.4204	-0.0317	0.0614	0.4596	0.0098	0.4481	46.304	8.755	87.018
3	0.3467	0.169	0.1306	0.6232	0.2325	1.0379	-0.0241	0.0658	0.03	0.0506	-0.0246	0.1688	0.0346	-0.1358	0.0486	0.3941	-0.0407	0.0385	0.4857	0.0062	0.4688	25.89	-12.054	65.195
4	2.695	0.6184	0.1571	6.2338	0.4923	-0.2953	0.1183	-0.1832	0.0484	-0.199	-0.1835	0.9935	0.1567	-0.2232	0.0652	0.5045	-0.0811	0.0672	0.7811	0.0201	0.718	6.976	1.589	80.495
5	0.1836	-0.1394	0.458	1.7715	0.4957	1.4008	-0.1011	-0.0468	0.0405	0.0759	0.0041	0.2921	-0.071	-0.2258	0.097	0.3475	0.0092	0.1041	0.5778	-0.0158	0.5853	17.238	2.838	74.633
6	0.5464	-0.2831	-0.0747	0.933	0.2522	0.5623	-0.0625	0.0053	0.0559	-0.0302	0.003	0.0613	-0.0082	-0.0451	0.0594	0.4234	-0.0473	0.0299	0.4731	0.0069	0.3877	38.144	-4.539	67.398
7	0.9717	-0.2337	0.0519	1.026	-0.3091	1.1369	0.055	0.0384	-0.0783	-0.0309	-0.0073	-0.0178	0.1964	0.189	-0.0477	0.4109	-0.0028	0.083	0.4637	-0.0284	0.3882	51.367	-23.185	63.306
8	3.4722	-0.373	3.6197	1.2683	0.742	4.5146	0.1451	0.1202	-0.1658	-0.3089	-0.1825	0.0909	0.1909	0.0197	0.0373	0.6645	0.0857	0.0711	0.5485	-0.0581	0.4665	56.443	-37.702	54.663
9	-0.0913	-1.3779	0.1803	3.1476	-0.5141	-0.1881	0.0524	0.0292	0.0023	-0.1422	0.0647	0.0834	0.2408	0.1622	-0.1171	0.7662	0.0261	-0.0568	0.5682	-0.0258	0.4523	55.78	-36.07	62.632
10	0.6747	0.1134	0.7343	1.7314	0.2878	1.6193	0.0571	0.1678	-0.169	-0.5145	0.0374	-0.088	0.3142	0.2417	-0.0945	0.4969	-0.0285	0.0227	0.557	-0.0541	0.5748	18.19	-62.636	5.382
11	0.4048	0.662	0.0709	2.2562	0.8333	1.1535	0.0015	0.0665	-0.0754	-0.3187	0.063	0.2989	0.1567	-0.0811	-0.0645	0.3707	-0.0227	-0.0466	0.5579	-0.0051	0.5749	4.902	-56.335	10.588
12	0.7286	-0.0333	0.2817	1.3426	0.3313	1.0391	-0.0232	0.0167	0.0287	0.0468	0.0054	-0.067	-0.151	0.0853	0.0178	0.379	-0.0364	-0.011	0.4911	-0.0056	0.46	24.096	-33.458	31.401
13	6.1156	2.1162	6.3056	4.5802	1.529	10.5009	-0.0625	0.3265	0.2377	-0.0803	-0.0478	-0.3719	-0.3148	0.6391	0.1104	0.3692	-0.143	0.1812	0.6979	0.0269	0.5255	35.681	-30.341	6.2
14	1.3733	-0.1349	1.5036	0.8673	-0.1222	4.0562	-0.1419	0.1586	0.0182	-0.254	0.0726	0.0328	-0.3353	0.305	0.0693	0.444	-0.0906	0.0383	0.5312	0.0183	0.5327	25.338	-31.501	11.971
15	0.472	0.3951	0.178	1.2147	-0.0585	1.405	-0.0025	-0.023	0.0064	0.0548	-0.0697	0.1712	-0.0848	-0.0229	0.0722	0.2547	-0.0137	0.0475	0.5135	-0.0311	0.5204	11.589	-40.28	28.551
16	1.2351	0.0424	-0.1595	1.8189	-0.1012	1.3078	0.1291	-0.2148	-0.0989	0.4029	-0.1755	0.1911	0.0747	-0.0755	0.0465	0.5009	-0.1013	0.0481	0.5885	-0.0056	0.5113	11.36	-50.154	49.588
17	-0.0074	-0.1345	-0.1304	8.3662	0.4443	2.5149	-0.0094	-0.5211	0.0578	0.425	0.1531	0.2486	0.0444	-0.0018	-0.1437	0.8069	-0.1358	0.06	0.8258	-0.0164	0.5681	13.108	-50.691	67.144
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22	2.2891	2.0815	0.3692	7.5046	2.061	2.0933	-0.1805	-0.0115	-0.1635	-0.3171	0.19	-0.561	-0.0538	0.6805	-0.0095	0.1249	0.0105	0.2979	0.8621	0.0157	0.6154	111.754	-52.133	14.425
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24	0.5405	0.2902	-0.0838	1.1698	-0.247	0.502	-0.015	0.0235	0.0363	0.1602	0.009	-0.114	0.0233	0.0119	0.0061	0.2118	0.0314	0.1289	0.5193	0.0009	0.3882	80.677	-58.367	27.717
25	0.732	0.0454	0.1531	1.0695	-0.2249	0.9281	0.0048	-0.0105	-0.0497	0.1357	-0.0121	-0.0153	0.0469	-0.1463	0.0073	0.3522	-0.0195	0.122	0.4744	0.0109	0.4051	67.653	-77.076	31.71
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28	0.3805	-0.317	0.5615	2.7746	-0.4014	0.8043	-0.0417	-0.1854	-0.1118	0.4891	0.0568	0.1858	0.1676	-0.2072	-0.0152	0.7179	0.0081	-0.0306	0.5897	0.0756	0.6055	100.596	-24.684	89.715
29	0.3302	-0.5429	0.142	2.0967	-0.635	1.2513	-0.0379	-0.08	-0.0993	0.3411	0.0349	-0.3266	0.1439	0.1519	0.003	0.6124	0.0297	-0.1589	0.531	0.0206	0.6167	113.864	-18.585	84.389
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33	0.5266	-0.453	0.1154	1.578	-0.2632	1.2373	0.0472	0.046	-0.0057	0.059	-0.0644	-0.2258	0.076	0.0365	0.0171	0.4232	0.0365	-0.0581	0.5053	0.0094	0.539	107.184	-2.343	66.653
34	1.8013	-0.109	0.0987	2.0977	-0.2717	1.2334	0.2759	0.2678	-0.1758	-0.5674	-0.2872	-0.2311	0.4038	0.1716	0.0113	0.721	0.1782	-0.0016	0.609	-0.0158	0.5192	107.886	-12.268	45.412
35	0.0214	-1.3751	-1.3437	4.5757	-2.1984	3.2242	0.2959	0.3195	-0.097	-1.4392	-0.2394	-0.0476	0.4926	-0.0971	-0.0565	1.0633	0.2357	0.0074	0.7923	-0.0662	0.6683	105.782	-12.833	27.846
36	1.2309	0.3406	0.025	2.3956	1.7873	3.1254	-0.2319	-0.1207	-0.0516	-0.451	-0.0797	-0.1451	0.0312	-0.1619	0.3115	0.79	0.1726	-0.0434	0.677	-0.0375	0.578	103.271	-18.114	33.581

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	14 - 124
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	125 - 323
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	324 - 468
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	469 - 503
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	504 - 585
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	586 - 842
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	843 - 973
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	974 - 1018
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	1019 - 1038
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	14 - 124
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	125 - 323
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	324 - 468
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	469 - 503
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	504 - 584
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	585 - 842
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	843 - 973
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	974 - 1018
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	1019 - 1038
19	X-RAY DIFFRACTION	19	C	14 - 124
20	X-RAY DIFFRACTION	20	C	125 - 323
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	324 - 468
22	X-RAY DIFFRACTION	22	C	469 - 503
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	504 - 585
24	X-RAY DIFFRACTION	24	C	586 - 842
25	X-RAY DIFFRACTION	25	C	843 - 972
26	X-RAY DIFFRACTION	26	C	973 - 1018
27	X-RAY DIFFRACTION	27	C	1019 - 1038
28	X-RAY DIFFRACTION	28	D	14 - 123
29	X-RAY DIFFRACTION	29	D	124 - 323
30	X-RAY DIFFRACTION	30	D	324 - 468
31	X-RAY DIFFRACTION	31	D	469 - 503
32	X-RAY DIFFRACTION	32	D	504 - 584
33	X-RAY DIFFRACTION	33	D	585 - 840
34	X-RAY DIFFRACTION	34	D	841 - 973
35	X-RAY DIFFRACTION	35	D	974 - 1018
36	X-RAY DIFFRACTION	36	D	1019 - 1038

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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