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万見
- PDB-2wnr: The structure of Methanothermobacter thermautotrophicus exosome c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wnr
タイトルThe structure of Methanothermobacter thermautotrophicus exosome core assembly
要素
  • PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1
  • PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / PHOSPHATE BINDING (リン酸塩) / 3'-5' EXORIBONUCLEASE / EXOSOME / NUCLEASE (ヌクレアーゼ) / EXONUCLEASE (エキソヌクレアーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


exosome (RNase complex) / RNA catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Exosome complex component Rrp41 / Exosome complex component Rrp42, archaea / GHMP Kinase, N-terminal domain / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / 3' exoribonuclease family, domain 1 / Ribosomal Protein S5; domain 2 ...Exosome complex component Rrp41 / Exosome complex component Rrp42, archaea / GHMP Kinase, N-terminal domain / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / 3' exoribonuclease family, domain 1 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / Exosome complex component Rrp42 / Exosome complex component Rrp41
類似検索 - 構成要素
生物種METHANOTHERMOBACTER THERMAUTOTROPHICUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Ng, C.L. / Waterman, D.G. / Antson, A.A. / Ortiz-Lombardia, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010
タイトル: Structure of the Methanothermobacter Thermautotrophicus Exosome Rnase Ph Ring
著者: Ng, C.L. / Waterman, D.G. / Antson, A.A. / Ortiz-Lombardia, M.
履歴
登録2009年7月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22012年5月30日Group: Other
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE ... THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2
B: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1
C: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2
D: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1
E: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2
F: PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,7409
ポリマ－169,4556
非ポリマー2853
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16050 Å2
ΔGint-84.3 kcal/mol
Surface area55760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.261, 118.233, 154.708
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
31E
12B
22D
32F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A37 - 68
2111C37 - 68
3111E37 - 68
1211A80 - 125
2211C80 - 125
3211E80 - 125
1311A133 - 172
2311C133 - 172
3311E133 - 172
1411A194 - 250
2411C194 - 250
3411E194 - 250
1511A266 - 272
2511C266 - 272
3511E266 - 272
1121B33 - 63
2121D33 - 63
3121F33 - 63
1221B78 - 94
2221D78 - 94
3221F78 - 94
1321B97 - 115
2321D97 - 115
3321F97 - 115
1421B125 - 169
2421D125 - 169
3421F125 - 169
1521B189 - 194
2521D189 - 194
3521F189 - 194
1621B199 - 213
2621D199 - 213
3621F199 - 213
1721B217 - 233
2721D217 - 233
3721F217 - 233

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 2


分子量: 29924.561 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) METHANOTHERMOBACTER THERMAUTOTROPHICUS (古細菌)
株: DELTA H / プラスミド: PCDFDUET, PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566
参照: UniProt: O26778, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#2: タンパク質 PROBABLE EXOSOME COMPLEX EXONUCLEASE 1


分子量: 26560.438 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) METHANOTHERMOBACTER THERMAUTOTROPHICUS (古細菌)
株: DELTA H / プラスミド: PCDFDUET, PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566
参照: UniProt: O26779, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 20% PEG3350, 0.1M SUCCINIC ACID PH 7.0, 5% ISOPROPANOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9191
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9191 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→25 Å / Num. obs: 47654 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.65→2.79 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 92.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0088精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BR2

2br2


解像度: 2.65→24.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 31.794 / SU ML: 0.298 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.231 / ESU R Free: 0.327 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25077 973 2 %RANDOM
Rwork0.21137 ---
obs0.21218 46606 98.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 65.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.36 Å20 Å20 Å2
2--0.71 Å20 Å2
3----0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→24.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10910 0 15 125 11050
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02211080
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2572.00214976
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.60251414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.77824.112484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.141152053
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.70515111
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.21752
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0218215
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0331.57071
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.817211455
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1134009
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6374.53519
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1350tight positional0.050.05
12C1350tight positional0.040.05
13E1350tight positional0.040.05
21B1104tight positional0.050.05
22D1104tight positional0.050.05
23F1104tight positional0.050.05
11A1350tight thermal0.070.5
12C1350tight thermal0.070.5
13E1350tight thermal0.080.5
21B1104tight thermal0.080.5
22D1104tight thermal0.070.5
23F1104tight thermal0.080.5
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.718 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 70 -
Rwork0.29 3011 -
obs--88.36 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.662-0.28590.07741.73160.76164.6621-0.0541-0.2835-0.23020.02010.07940.18630.1025-1.0044-0.02530.26920.0219-0.03770.28070.07740.3541-60.6032.51613.258
24.64850.4394-0.34221.2158-0.08454.04610.0243-0.3625-0.05710.00050.14380.06210.044-0.111-0.16820.30410.0581-0.07130.07380.02960.2181-37.4032.08525.788
34.2664-0.6567-0.03142.0841-0.61383.72480.23150.9056-0.0941-0.2495-0.08220.0213-0.1502-0.571-0.14930.33710.1097-0.02390.2832-0.01330.1984-41.0348.127-31.079
43.6895-0.7896-1.09041.4419-0.18015.89830.2030.56770.1587-0.04750.03140.1068-0.4984-1.1426-0.23440.34960.2963-0.01860.48410.12520.3103-62.19816.239-16.194
53.63780.2675-1.18441.48330.0413.8108-0.1362-0.2671-0.41010.07260.1129-0.14120.55740.78690.02330.40210.2004-0.09220.1908-0.02260.3131-13.887-7.3565.786
63.7713-1.14630.27321.2458-0.90834.37150.05230.03190.0892-0.05280.0618-0.1148-0.10.621-0.11410.2791-0.0325-0.00330.1415-0.08870.2774-11.3756.203-17.744
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 269
2X-RAY DIFFRACTION2B15 - 236
3X-RAY DIFFRACTION3C13 - 270
4X-RAY DIFFRACTION4D16 - 236
5X-RAY DIFFRACTION5E21 - 270
6X-RAY DIFFRACTION6F14 - 237

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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