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- PDB-2wlg: Crystallographic analysis of the polysialic acid O-acetyltransfer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wlg
タイトルCrystallographic analysis of the polysialic acid O-acetyltransferase OatWY
要素POLYSIALIC ACID O-ACETYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / ENZYME (酵素) / ACETYLTRANSFERASE / LEFT-HANDED BETA HELIX
機能・相同性
機能・相同性情報


polysialic-acid O-acetyltransferase activity / protein homotrimerization / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
類似検索 - 分子機能
Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Hexapeptide repeat / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / Chem-SOP / Polysialic acid O-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種NEISSERIA MENINGITIDIS SEROGROUP Y (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Lee, H.J. / Rakic, B. / Gilbert, M. / Wakarchuk, W.W. / Withers, S.G. / Strynadka, N.C.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structural and Kinetic Characterizations of the Polysialic Acid O-Acetyltransferase Oatwy from Neisseria Meningitidis.
著者: Lee, H.J. / Rakic, B. / Gilbert, M. / Wakarchuk, W.W. / Withers, S.G. / Strynadka, N.C.J.
履歴
登録2009年6月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POLYSIALIC ACID O-ACETYLTRANSFERASE
B: POLYSIALIC ACID O-ACETYLTRANSFERASE
C: POLYSIALIC ACID O-ACETYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,82521
ポリマ－71,1943
非ポリマー2,63118
水5,224290
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8700 Å2
ΔGint-38.9 kcal/mol
Surface area31670 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)78.669, 94.393, 100.874
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number16
Space group name H-MP222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TYR / Beg label comp-ID: TYR / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 6 - 214 / Label seq-ID: 6 - 214

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC

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要素

#1: タンパク質 POLYSIALIC ACID O-ACETYLTRANSFERASE


分子量: 23731.191 Da / 分子数: 3 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LEFT-HANDED BETA HELIX
由来: (組換発現) NEISSERIA MENINGITIDIS SEROGROUP Y (髄膜炎菌)
株: 406Y / プラスミド: PET-28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q93S40
#2: 化合物 ChemComp-SOP / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-4-HYDROXY-3-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDROFURAN-2-YL]METHYL (3R)-3-HYDROXY-2,2-DIMETHYL-4-OXO-4-{[3-OXO-3-({2-[(2-OXOPROPYL)THIO]ETHYL}AMINO)PROPYL]AMINO}BUTYL DIHYDROGEN DIPHOSPHATE / S-(2-OXOPROPYL)-COENZYME A


分子量: 823.597 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40N7O17P3S
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASN 67 TO ILE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASN 67 TO ILE ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASN 67 TO ILE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASN 67 TO ILE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ASN 67 TO ILE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
解説: STARTING MODEL WAS MY NAI SOAKING SIRAS STRUCTURE SOLVED BY SHELX-CDE.
結晶化pH: 4.6
詳細: 100 MM SODIUM ACETATE, 2.25 M AMMONIUM ACETATE, pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.979
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月22日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 59306 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 7 / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 52.8
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0066精密化
HKLデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: IN-HOUSE STRUCTURE

解像度: 1.9→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 8.47 / SU ML: 0.112 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23106 2987 5.1 %RANDOM
Rwork0.19278 ---
obs0.19473 56022 98.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.569 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.35 Å20 Å20 Å2
2---1.24 Å20 Å2
3----2.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4856 0 168 290 5314
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0225114
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024596
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3421.9716921
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.044310752
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1335639
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.98425.714210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.40915892
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.0461515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2801
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025571
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02908
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5131.53135
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.161.51311
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.98725102
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.88431979
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.994.51813
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3028 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Aloose positional0.625
2Bloose positional0.685
3Cloose positional0.585
1Aloose thermal2.3810
2Bloose thermal2.7110
3Cloose thermal2.9110
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 189 -
Rwork0.23 3930 -
obs--94.28 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.06533.48873.044613.682110.646810.7393-0.05740.3004-0.1401-0.60930.00860.1218-0.0266-0.63570.04880.4186-0.0288-0.0410.49840.09960.347121.14793.4795-34.8079
21.4280.2484-0.92761.9982-0.03853.9251-0.04440.35190.1853-0.29660.08330.22780.0057-0.6664-0.03890.1414-0.0528-0.05260.25530.06580.106527.6276-1.3864-36.9375
31.75820.6065-0.51123.52350.48074.1327-0.08010.17110.1014-0.13540.03240.26470.1626-0.48650.04770.0986-0.0758-0.02630.19870.02860.11229.6126-5.6735-31.092
45.3124-7.2233-10.296718.446822.541830.98170.125-0.14760.2578-0.50460.5049-0.6337-0.48440.8231-0.630.0537-0.0416-0.00850.10280.05430.084436.6823-6.1351-30.1361
50.37070.0415-0.63421.07920.65944.178-0.12230.024-0.054-0.0650.0224-0.00180.3708-0.09720.09980.0879-0.05990.0240.1020.00110.072832.7155-13.0302-19.5539
61.65460.1673-1.62493.14611.5044.719-0.2458-0.0053-0.2155-0.09570.0678-0.14280.63320.02470.1780.1887-0.02920.05810.05910.02170.056737.2972-19.2255-27.12
72.8705-0.4547-2.43892.48741.56813.8865-0.4252-0.2771-0.31090.04690.1878-0.2520.82030.35780.23750.29170.0520.11040.09290.05420.116641.125-23.7635-22.9766
85.826-1.9569-1.27754.6274-0.67895.3288-0.29770.6031-0.4923-0.4882-0.1605-0.05221.07340.2570.45820.4866-0.04490.22280.1344-0.0310.249244.6891-29.6004-37.4372
916.60213.4775-1.47343.63024.16478.67810.12060.12150.58620.15350.0509-0.57560.21030.376-0.17140.5071-0.0470.08090.20650.17690.759751.7075-23.0454-41.0561
102.98881.6839-3.0488.28431.10784.28510.0840.30860.7954-1.20390.48670.7131-0.4305-0.385-0.57061.11270.00610.27140.647-0.02490.536314.2796-31.2879-55.253
112.834-0.6087-1.98542.5204-0.70277.19830.3590.011-0.1403-0.6431-0.13440.3221.0395-1.0409-0.22460.8069-0.399-0.02670.42880.01150.176610.1916-37.7251-46.4373
121.9499-0.55850.27232.2383-0.04883.69450.4662-0.08390.0983-0.6146-0.16480.03970.6419-0.4398-0.30140.8117-0.33620.09840.2508-0.03120.148418.1145-37.5412-43.1611
134.43170.4256-1.93841.9269-1.09243.39620.0732-0.0283-0.1508-0.50490.0437-0.08620.7411-0.4555-0.11690.7216-0.37790.07490.2512-0.05020.137120.4905-39.8539-34.5083
140.93420.9231-0.28581.2371-1.05121.9326-0.0388-0.0702-0.1802-0.39420.0294-0.18540.7701-0.1740.00930.6721-0.2410.18670.124-0.06870.222430.6372-39.8289-30.5489
153.10572.751-0.14326.310.74295.58340.0952-0.3274-0.2808-0.05530.0656-0.84981.0474-0.012-0.16070.692-0.29940.06410.2245-0.01040.265329.0562-46.2164-19.8232
167.5718-0.1566-1.6746.8671-0.10253.3790.0075-0.0121-0.2829-0.20040.22680.530.0821-0.466-0.23430.6933-0.48390.02140.39670.050.242611.5475-48.8667-17.8818
172.85971.6475-2.76956.3046-1.389414.3949-0.18360.0894-0.2334-0.29480.13820.1680.5326-0.59540.04550.7711-0.5758-0.03770.46530.02810.34848.9022-56.2804-19.308
1816.415610.4291-11.808214.9573-10.566113.17770.3672-0.34120.6145-0.2338-0.25240.2881-0.66040.2271-0.11480.3217-0.29890.01230.7122-0.08020.5162-9.7882-23.1373-15.3112
190.5621.30131.73253.10764.21545.8639-0.0092-0.1410.36770.0801-0.53560.64920.0313-0.63480.54480.1706-0.21060.11030.68230.04460.8285-4.2041-16.0439-10.2687
204.98535.47171.26949.19952.04912.19740.05830.1090.28020.2556-0.2180.44540.3804-0.62480.15970.1894-0.29540.00250.48790.04510.3238-1.6784-19.665-10.0357
212.42260.57940.10761.6276-0.16511.4175-0.11890.07510.0894-0.05880.11020.29590.4461-0.48020.00860.2606-0.27750.02540.33910.05110.17978.0339-23.8747-10.0647
222.62610.7547-2.0169.40211.70133.62020.1438-0.2418-0.24680.28090.04810.08420.3446-0.0432-0.1920.5572-0.41160.01060.35540.040.234612.8066-48.633-12.1076
232.47381.26860.25032.99011.12642.40090.0029-0.0292-0.24650.15790.0961-0.15120.695-0.2004-0.09910.2766-0.11710.00940.12030.03340.084723.8587-26.9021-6.2259
241.99031.59330.29244.29890.55482.5259-0.0336-0.10170.16820.14780.03910.10080.153-0.1721-0.00560.1117-0.03860.0320.1922-0.00040.107727.6664-9.3155-1.2954
2516.99284.6182-5.311820.2279-7.034410.82120.3585-1.5849-0.10861.5093-0.379-0.47-0.28280.05290.02050.2435-0.07880.09460.2581-0.02950.192424.4757-11.57297.1043
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 9
2X-RAY DIFFRACTION2A10 - 49
3X-RAY DIFFRACTION3A50 - 75
4X-RAY DIFFRACTION4A76 - 85
5X-RAY DIFFRACTION5A86 - 134
6X-RAY DIFFRACTION6A135 - 152
7X-RAY DIFFRACTION7A153 - 184
8X-RAY DIFFRACTION8A185 - 208
9X-RAY DIFFRACTION9A209 - 215
10X-RAY DIFFRACTION10B6 - 11
11X-RAY DIFFRACTION11B12 - 48
12X-RAY DIFFRACTION12B49 - 80
13X-RAY DIFFRACTION13B81 - 119
14X-RAY DIFFRACTION14B120 - 170
15X-RAY DIFFRACTION15B171 - 190
16X-RAY DIFFRACTION16B191 - 201
17X-RAY DIFFRACTION17B202 - 214
18X-RAY DIFFRACTION18C6 - 10
19X-RAY DIFFRACTION19C11 - 26
20X-RAY DIFFRACTION20C27 - 45
21X-RAY DIFFRACTION21C46 - 118
22X-RAY DIFFRACTION22C119 - 135
23X-RAY DIFFRACTION23C136 - 189
24X-RAY DIFFRACTION24C190 - 209
25X-RAY DIFFRACTION25C210 - 215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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