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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wbl | ||||||
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タイトル | Three-dimensional structure of a binary ROP-PRONE complex | ||||||
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機能・相同性 | ![]() cortical cytoskeleton organization / small GTPase-mediated signal transduction / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell projection / actin filament organization / regulation of actin cytoskeleton organization / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Thomas, C. / Fricke, I. / Weyand, M. / Berken, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: 3D Structure of a Binary Rop-Prone Complex: The Final Intermediate for a Complete Set of Molecular Snapshots of the Ropgef Reaction. 著者: Thomas, C. / Fricke, I. / Weyand, M. / Berken, A. #1: ![]() タイトル: Structural Evidence for a Common Intermediate in Small G Protein-Gef Reactions. 著者: Thomas, C. / Fricke, I. / Scrima, A. / Berken, A. / Wittinghofer, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 192.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 152.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2ntyS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41516.367 Da / 分子数: 2 / 断片: PRONE DOMAIN, RESIDUES 76-440 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ROPGEF8 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() Variant: COL-0 / プラスミド: PGEX6P1 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 19873.781 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-180 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ROP7 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() Variant: LANDSBERG ERECTA / プラスミド: PGEX6P1 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 配列の詳細 | SERINE 28 IS A GLYCINE IN THE LANDSBERG ERECTA VARIANT | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE |
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結晶化![]() | pH: 7 / 詳細: pH 7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 30632 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 15.82 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 3.82 / % possible all: 99.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2NTY 解像度: 2.9→49.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 35.825 / SU ML: 0.31 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.391 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, U VALUES RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.95 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→49.41 Å
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拘束条件 |
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