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万見
- PDB-2w9p: Crystal Structure of Potato Multicystatin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w9p
タイトルCrystal Structure of Potato Multicystatin
要素MULTICYSTATIN
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / PROTEASE INHIBITOR (プロテアーゼ阻害剤) / THIOL PROTEASE INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type endopeptidase inhibitor activity
類似検索 - 分子機能
Cystatin / Proteinase inhibitor I25, cystatin, conserved site / Cysteine proteases inhibitors signature. / Cystatin domain / Cystatin-like domain / Cystatin domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #10 / Cystatin superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種SOLANUM TUBEROSUM (ジャガイモ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Nissen, M.S. / Kumar, G.N. / Youn, B. / Knowles, D.B. / Lam, K.S. / Ballinger, W.J. / Knowles, N.R. / Kang, C.
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2009
タイトル: Characterization of Solanum Tuberosum Multicystatin and its Structural Comparison with Other Cystatins.
著者: Nissen, M.S. / Kumar, G.N. / Youn, B. / Knowles, D.B. / Lam, K.S. / Ballinger, W.J. / Knowles, N.R. / Kang, C.
履歴
登録2009年1月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MULTICYSTATIN
B: MULTICYSTATIN
C: MULTICYSTATIN
D: MULTICYSTATIN
E: MULTICYSTATIN
F: MULTICYSTATIN
G: MULTICYSTATIN
H: MULTICYSTATIN
I: MULTICYSTATIN
J: MULTICYSTATIN
K: MULTICYSTATIN
L: MULTICYSTATIN
M: MULTICYSTATIN
N: MULTICYSTATIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,06814
ポリマ－142,06814
非ポリマー00
水0
1
A: MULTICYSTATIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1481
ポリマ－10,1481
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: MULTICYSTATIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1481
ポリマ－10,1481
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: MULTICYSTATIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1481
ポリマ－10,1481
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: MULTICYSTATIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1481
ポリマ－10,1481
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: MULTICYSTATIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1481
ポリマ－10,1481
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: MULTICYSTATIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1481
ポリマ－10,1481
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: MULTICYSTATIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1481
ポリマ－10,1481
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: MULTICYSTATIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1481
ポリマ－10,1481
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
9
I: MULTICYSTATIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1481
ポリマ－10,1481
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
10
J: MULTICYSTATIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1481
ポリマ－10,1481
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
11
K: MULTICYSTATIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1481
ポリマ－10,1481
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
12
L: MULTICYSTATIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1481
ポリマ－10,1481
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
13
M: MULTICYSTATIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1481
ポリマ－10,1481
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
14
N: MULTICYSTATIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1481
ポリマ－10,1481
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)210.850, 85.710, 96.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.60, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
MULTICYSTATIN / MC / POTATO MULTICYSTATIN


分子量: 10147.722 Da / 分子数: 14 / 断片: RESIDUES 100-186 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SOLANUM TUBEROSUM (ジャガイモ) / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: P37842

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.5 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.0332
検出器タイプ: ADSC IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 40548 / % possible obs: 88.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.06

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解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / バージョン: NULL / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.7→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 --
Rwork0.212 --
obs0.212 34671 75.6 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10038 0 0 0 10038
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.19
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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