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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2w4e | ||||||
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タイトル | Structure of an N-terminally truncated Nudix hydrolase DR2204 from Deinococcus radiodurans | ||||||
要素 | MUTT/NUDIX FAMILY PROTEIN | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / ADP-RIBOSE PYROPHOSPHATASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleoside phosphate metabolic process / ribose phosphate metabolic process / hydrolase activity / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Goncalves, A.M.D. / Fioravanti, E. / Stelter, M. / McSweeney, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009 タイトル: Structure of an N-Terminally Truncated Nudix Hydrolase Dr2204 from Deinococcus Radiodurans. 著者: Goncalves, A.M.D. / Fioravanti, E. / Stelter, M. / Mcsweeney, S. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2w4e.cif.gz | 64.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2w4e.ent.gz | 48.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2w4e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/2w4e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/2w4e | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15606.864 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 56-200 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性) 株: R1 / プラスミド: PET151-D/TOPO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9RSC1, ADP-ribose diphosphatase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: 0.2 M LINO3 20% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 3350, pH 7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.98 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月18日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL, SI(111) OR SI(311) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 22215 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 2→57.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 3.907 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. THE SIDE CHAIN ATOMS WITHOUT VISIBLE ELECTRON DENSITY AT 1 SIGMA WERE REMOVED FROM THE MODEL. THE FINAL MODEL ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. THE SIDE CHAIN ATOMS WITHOUT VISIBLE ELECTRON DENSITY AT 1 SIGMA WERE REMOVED FROM THE MODEL. THE FINAL MODEL CONSISTS OF AN N-TERMINALLY TRUNCATED FORM OF THE PROTEIN MISSING THE FIRST 55 RESIDUES IN THE SEQUENCE OF MONOMER A AND FIRST 59 RESIDUES IN MONOMER B. IN BOTH MONOMERS THE ELECTRON DENSITY IS POOR FOR A SHORT LOOP RESPECTIVELY. NO MODEL COULD BE BUILT IN THIS REGION.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.12 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→57.45 Å
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拘束条件 |
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