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- PDB-2w35: Structures of endonuclease V with DNA reveal initiation of deamin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w35
タイトルStructures of endonuclease V with DNA reveal initiation of deaminated adenine repair
要素
  • 5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP)-3'
  • 5'-D(*AP*TP*GP*CP*GP*AP*CP*IP*GP)-3'
  • Endonuclease V
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / HYPOXANTHINE (ヒポキサンチン) / ENDONUCLEASE (エンドヌクレアーゼ) / ENDONUCLEASEV / INOSINE (イノシン) / DNA DAMAGE (DNA修復) / DNA REPAIR (DNA修復)
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyribonuclease V / deoxyribonuclease V activity / RNA endonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters / single-stranded RNA binding / DNA修復 / magnesium ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Endonuclease V / Endonuclease V / archaeoglobus fulgidus dsm 4304 fold / archaeoglobus fulgidus dsm 4304 superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / Endonuclease V
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / その他 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Dalhus, B. / Arvai, A.S. / Rosnes, I. / Olsen, O.E. / Backe, P.H. / Alseth, I. / Gao, H. / Cao, W. / Tainer, J.A. / Bjoras, M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structures of Endonuclease V with DNA Reveal Initiation of Deaminated Adenine Repair.
著者: Dalhus, B. / Arvai, A.S. / Rosnes, I. / Olsen, O.E. / Backe, P.H. / Alseth, I. / Gao, H. / Cao, W. / Tainer, J.A. / Bjoras, M.
履歴
登録2008年11月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年7月5日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / struct_conn / struct_ref / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endonuclease V
B: Endonuclease V
C: 5'-D(*AP*TP*GP*CP*GP*AP*CP*IP*GP)-3'
D: 5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP)-3'
F: 5'-D(*AP*TP*GP*CP*GP*AP*CP*IP*GP)-3'
G: 5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4718
ポリマ－60,4226
非ポリマー492
水3,891216
1
A: Endonuclease V
C: 5'-D(*AP*TP*GP*CP*GP*AP*CP*IP*GP)-3'
D: 5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP)-3'
ヘテロ分子

A: Endonuclease V
C: 5'-D(*AP*TP*GP*CP*GP*AP*CP*IP*GP)-3'
D: 5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4718
ポリマ－60,4226
非ポリマー492
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
Buried area3150 Å2
ΔGint-0.2 kcal/mol
Surface area25700 Å2
手法PQS
2
B: Endonuclease V
F: 5'-D(*AP*TP*GP*CP*GP*AP*CP*IP*GP)-3'
G: 5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP)-3'
ヘテロ分子

B: Endonuclease V
F: 5'-D(*AP*TP*GP*CP*GP*AP*CP*IP*GP)-3'
G: 5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4718
ポリマ－60,4226
非ポリマー492
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-x+1,-y+2,z1
Buried area5170 Å2
ΔGint-3.7 kcal/mol
Surface area25960 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)55.064, 134.292, 194.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Endonuclease V / / Deoxyinosine 3'endonuclease / Deoxyribonuclease V / DNase V


分子量: 25635.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
遺伝子: nfi, TM_1865 / プラスミド: PET28B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q9X2H9, deoxyribonuclease V
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*TP*GP*CP*GP*AP*CP*IP*GP)-3'


分子量: 2765.822 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP)-3'


分子量: 1809.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.16 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9185
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9185 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 39299 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS1.1位相決定
精密化構造決定の手法: その他
開始モデル: NONE

解像度: 2.15→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 1967 4.9 %RANDOM
Rwork0.259 ---
obs0.259 39299 99.2 %-
溶媒の処理Bsol: 52.8 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46.6 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.39 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3580 433 2 216 4231
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.535 196 5.4 %
Rwork0.564 3574 -
obs--96.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2INOSIN.PARAMINOSIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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