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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2w1g | ||||||
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タイトル | Structure determination of Aurora Kinase in complex with inhibitor | ||||||
要素 | SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 6Serine/threonine-specific protein kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / CANCER (悪性腫瘍) / AURORA (オーロラ) / KINASE (キナーゼ) / INHIBITOR (酵素阻害剤) / NUCLEOTIDE-BINDING / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / ATP-BINDING / POLYMORPHISM / PHOSPHOPROTEIN / CELL CYCLE (細胞周期) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / positive regulation of oocyte maturation / spindle pole centrosome / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / pronucleus ...Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / positive regulation of oocyte maturation / spindle pole centrosome / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / pronucleus / 紡錘体 / mitotic centrosome separation / 卵母細胞 / protein localization to centrosome / anterior/posterior axis specification / centrosome localization / neuron projection extension / spindle organization / positive regulation of mitochondrial fission / mitotic spindle pole / SUMOylation of DNA replication proteins / spindle midzone / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / 中心小体 / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / positive regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of mitotic nuclear division / AURKA Activation by TPX2 / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / mitotic spindle organization / ciliary basal body / regulation of cytokinesis / negative regulation of protein binding / regulation of signal transduction by p53 class mediator / molecular function activator activity / liver regeneration / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / regulation of protein stability / spindle microtubule / 紡錘体 / 動原体 / response to wounding / spindle / G2/M transition of mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / mitotic cell cycle / midbody / basolateral plasma membrane / peptidyl-serine phosphorylation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein autophosphorylation / postsynaptic density / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein heterodimerization activity / 細胞分裂 / protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / 中心体 / glutamatergic synapse / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / その他 / 解像度: 2.71 Å | ||||||
データ登録者 | Howard, S. / Berdini, V. / Boulstridge, J.A. / Carr, M.G. / Cross, D.M. / Curry, J. / Devine, L.A. / Early, T.R. / Fazal, L. / Gill, A.L. ...Howard, S. / Berdini, V. / Boulstridge, J.A. / Carr, M.G. / Cross, D.M. / Curry, J. / Devine, L.A. / Early, T.R. / Fazal, L. / Gill, A.L. / Heathcote, M. / Maman, S. / Matthews, J.E. / McMenamin, R.L. / Navarro, E.F. / O'Brien, M.A. / O'Reilly, M. / Rees, D.C. / Reule, M. / Tisi, D. / Williams, G. / Vinkovic, M. / Wyatt, P.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2009 タイトル: Fragment-Based Discovery of the Pyrazol-4-Yl Urea (at9283), a Multitargeted Kinase Inhibitor with Potent Aurora Kinase Activity. 著者: Howard, S. / Berdini, V. / Boulstridge, J.A. / Carr, M.G. / Cross, D.M. / Curry, J. / Devine, L.A. / Early, T.R. / Fazal, L. / Gill, A.L. / Heathcote, M. / Maman, S. / Matthews, J.E. / ...著者: Howard, S. / Berdini, V. / Boulstridge, J.A. / Carr, M.G. / Cross, D.M. / Curry, J. / Devine, L.A. / Early, T.R. / Fazal, L. / Gill, A.L. / Heathcote, M. / Maman, S. / Matthews, J.E. / Mcmenamin, R.L. / Navarro, E.F. / O'Brien, M.A. / O'Reilly, M. / Rees, D.C. / Reule, M. / Tisi, D. / Williams, G. / Vinkovic, M. / Wyatt, P.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2w1g.cif.gz | 67.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2w1g.ent.gz | 50.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2w1g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/2w1g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/2w1g | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32317.898 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE, RESIDUES 122-389 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET 23A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: O14965, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-L0G / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.07 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.91 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.71→66.25 Å / Num. obs: 9350 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 4.3 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.4.0069A / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: その他 開始モデル: NONE 解像度: 2.71→66.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 15.487 / SU ML: 0.307 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.028 / ESU R Free: 0.394 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 68.49 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.71→66.25 Å
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拘束条件 |
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