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万見
- PDB-2vq4: Carbohydrate-binding of the starch binding domain of Rhizopus ory... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vq4
タイトルCarbohydrate-binding of the starch binding domain of Rhizopus oryzae glucoamylase in complex with beta-cyclodextrin and maltoheptaose
要素GLUCOAMYLASE A
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / RHIZOPUS ORYZAE GLUCOAMYLASE / CARBOHYDRATE BINDING (炭水化物) / STARCH BINDING DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide metabolic process / glucan 1,4-alpha-glucosidase / glucan 1,4-alpha-glucosidase activity
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate binding type-21 domain / CBM21 (carbohydrate binding type-21) domain / CBM21 domain superfamily / Carbohydrate/starch-binding module (family 21) / CBM21 (carbohydrate binding type-21) domain profile. / Glucoamylase / : / Glucoamylase active site region signature. / GH15-like domain / Glycosyl hydrolases family 15 ...Carbohydrate binding type-21 domain / CBM21 (carbohydrate binding type-21) domain / CBM21 domain superfamily / Carbohydrate/starch-binding module (family 21) / CBM21 (carbohydrate binding type-21) domain profile. / Glucoamylase / : / Glucoamylase active site region signature. / GH15-like domain / Glycosyl hydrolases family 15 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
glucan 1,4-alpha-glucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種RHIZOPUS ORYZAE (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Tung, J.-Y. / Liu, Y.-Y. / Sun, Y.-J.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2008
タイトル: Crystal Structures of the Starch-Binding Domain from Rhizopus Oryzae Glucoamylase Reveal a Polysaccharide-Binding Path.
著者: Tung, J.-Y. / Chang, M.D. / Chou, W. / Liu, Y.-Y. / Yeh, Y. / Chang, F. / Lin, S. / Qiu, Z. / Sun, Y.-J.
履歴
登録2008年3月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUCOAMYLASE A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6631
ポリマ－11,6631
非ポリマー00
水3,783210
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)26.635, 33.894, 93.389
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 GLUCOAMYLASE A


分子量: 11662.581 Da / 分子数: 1 / 断片: STARCH BINDING DOMAIN, RESIDUES 26-131 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ILE 53 IS A CLONING VARIANT FROM A LOCAL STRAIN OF R. ORYZAE
由来: (組換発現) RHIZOPUS ORYZAE (菌類) / プラスミド: PET23A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q2VC81, glucan 1,4-alpha-glucosidase
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, THR 78 TO ILE
配列の詳細ILE 53 IS A CLONING VARIANT FROM A LOCAL STRAIN OF R. ORYZAE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 0.32 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 25% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.9732
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9732 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→30 Å / Num. obs: 23978 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 31.5
反射 シェル解像度: 1.25→1.29 Å / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / % possible all: 93.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2V8L

2v8l


解像度: 1.25→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 1.288 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.047 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 6, 42, 99, AND 101 ARE DISORDERED ALTERNATE POSITIONS ARE PRESENT FOR SIDE CHAIN OF RESIDUES SER 8, GLN10, SER 19, THR37, SER 44, ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 6, 42, 99, AND 101 ARE DISORDERED ALTERNATE POSITIONS ARE PRESENT FOR SIDE CHAIN OF RESIDUES SER 8, GLN10, SER 19, THR37, SER 44, SER57, GLU68, AND SER89. HENCE THEIR ALTERNATE INDICATORS ARE A AND B. THEY CONCERNED HAVE OCCUPANCY BETWEEN 0.0 AND 1.0 AND WERE REFINED AS DESCRIBED ABOVE. OCCUPANCY VALUES LOWER THAN 1. 0 APPEARED TO JUSTIFY BETTER THE ELECTRON DENSITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.169 1219 5.1 %RANDOM
Rwork0.146 ---
obs0.147 22701 98.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20 Å20 Å2
2--0.4 Å20 Å2
3----0.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数818 0 0 210 1028
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.022865
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3821.911176
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9365105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.13125.71442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.28515135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2125
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02668
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.2410
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.2626
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1310.2173
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1690.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1980.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2421.5535
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8632856
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5823392
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.064.5320
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.25→1.28 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.173 74
Rwork0.159 1567

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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