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- PDB-2vp7: Decoding of methylated histone H3 tail by the Pygo-BCL9 Wnt signa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vp7
タイトルDecoding of methylated histone H3 tail by the Pygo-BCL9 Wnt signaling complex
要素
  • B-CELL CLL/LYMPHOMA 9 PROTEIN
  • PYGOPUS HOMOLOG 1
キーワードGENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / WNT SIGNALING PATHWAY (Wntシグナル経路) / WNT SIGNALING COMPLEX (Wntシグナル経路) / CHROMOSOMAL REARRANGEMENT / SIGNALING PROTEIN / PROTO-ONCOGENE (がん遺伝子) / PHOSPHOPROTEIN / PYGO PHD DOMAIN / BCL9 HD1 DOMAIN / HISTONE H3K4ME2 TAIL / ZINC (亜鉛) / NUCLEUS (細胞核) / ZINC-FINGER (ジンクフィンガー) / METAL-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


myotube differentiation involved in skeletal muscle regeneration / spermatid nucleus differentiation / beta-catenin-TCF complex / cis-Golgi network / myoblast differentiation / skeletal muscle cell differentiation / somatic stem cell population maintenance / protein localization to nucleus / 筋形質 / canonical Wnt signaling pathway ...myotube differentiation involved in skeletal muscle regeneration / spermatid nucleus differentiation / beta-catenin-TCF complex / cis-Golgi network / myoblast differentiation / skeletal muscle cell differentiation / somatic stem cell population maintenance / protein localization to nucleus / 筋形質 / canonical Wnt signaling pathway / hematopoietic progenitor cell differentiation / methylated histone binding / kidney development / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / beta-catenin binding / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
B Cell Lymphoma 9 / B-cell lymphoma 9, beta-catenin binding domain / B-cell lymphoma 9 protein / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger ...B Cell Lymphoma 9 / B-cell lymphoma 9, beta-catenin binding domain / B-cell lymphoma 9 protein / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
B-cell CLL/lymphoma 9 protein / Pygopus homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Fiedler, M. / Sanchez-Barrena, M.J. / Nekrasov, M. / Mieszczanek, J. / Rybin, V. / Muller, J. / Evans, P. / Bienz, M.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2008
タイトル: Decoding of Methylated Histone H3 Tail by the Pygo- Bcl9 Wnt Signaling Complex.
著者: Fiedler, M. / Sanchez-Barrena, M.J. / Nekrasov, M. / Mieszczanek, J. / Rybin, V. / Muller, J. / Evans, P. / Bienz, M.
履歴
登録2008年2月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月29日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PYGOPUS HOMOLOG 1
B: B-CELL CLL/LYMPHOMA 9 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6377
ポリマ－11,2182
非ポリマー4195
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1530 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area7810 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)32.650, 72.060, 91.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1039-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PYGOPUS HOMOLOG 1 / HPYGO1


分子量: 7661.530 Da / 分子数: 1 / 断片: PHD DOMAIN, RESIDUES 333-402 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): CODONPLUS(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q9Y3Y4
#2: タンパク質・ペプチド B-CELL CLL/LYMPHOMA 9 PROTEIN / / B-CELL LYMPHOMA 9 PROTEIN / BCL-9 / PROTEIN LEGLESS HOMOLOG / BCL9


分子量: 3556.132 Da / 分子数: 1 / 断片: HD1 DOMAIN, RESIDUES 174-205 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): CODONPLUS(DE3)-RIL / 参照: UniProt: O00512
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TRP 366 TO PHE
配列の詳細MUTATION W366F

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.37 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: CRYSTALS WERE GROWN USING THE HANGING-DROP VAPOUR-DIFFUSION TECHNIQUE. CRYSTALLIZATION SOLUTION: 1.7M (NH4)2SO4, 100MM TRIS PH7.5, 200MM NACL, pH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月16日
放射モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→24.96 Å / Num. obs: 12608 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0037精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.65→56.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 2.111 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE ZN(II) NUMBER 2 AND ITS BINDING RESIDUES SHOW CERTAIN DISORDER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 658 5 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.22 12608 98.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.81 Å20 Å20 Å2
2---0.55 Å20 Å2
3----0.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→56.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数736 0 17 99 852
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.022798
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3721.9551091
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.355107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.16925.93832
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.64415130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.05151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2126
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02593
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.2373
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.2554
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.267
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1590.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1980.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1071.5522
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.842825
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.523309
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5274.5262
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.29 45
Rwork0.258 839

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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