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- PDB-2vcd: Solution structure of the FKBP-domain of Legionella pneumophila M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vcd
タイトルSolution structure of the FKBP-domain of Legionella pneumophila Mip in complex with rapamycin
要素Outer membrane protein MIP
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / MIP / FKBP (FKBP) / PPIASE (プロリルイソメラーゼ) / MEMBRANE (生体膜) / ROTAMASE / SIROLIMUS (ラパマイシン) / VIRULENCE / RAPAMYCIN (ラパマイシン) / FKBP-DOMAIN / OUTER MEMBRANE / LEGIONNAIRES DISEASE / MACROLIDE ANTIBIOTIC / LEGIONELLA PNEUMOPHILA (レジオネラ・ニューモフィラ)
機能・相同性
機能・相同性情報


プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / cell outer membrane / フォールディング
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2970 / Macrophage infectivity potentiator / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, FKBP-type, N-terminal / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, FKBP-type, N-terminal domain superfamily / Domain amino terminal to FKBP-type peptidyl-prolyl isomerase / Chitinase A; domain 3 - #40 / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2970 / Macrophage infectivity potentiator / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, FKBP-type, N-terminal / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, FKBP-type, N-terminal domain superfamily / Domain amino terminal to FKBP-type peptidyl-prolyl isomerase / Chitinase A; domain 3 - #40 / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Helix non-globular / Special / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RAPAMYCIN IMMUNOSUPPRESSANT DRUG / Outer membrane protein MIP
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)
手法溶液NMR / ARIA, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Ceymann, A. / Horstmann, M. / Ehses, P. / Schweimer, K. / Paschke, A.-K. / Fischer, G. / Roesch, P. / Faber, C.
引用ジャーナル: BMC Struct. Biol. / 年: 2008
タイトル: Solution structure of the Legionella pneumophila Mip-rapamycin complex.
著者: Ceymann, A. / Horstmann, M. / Ehses, P. / Schweimer, K. / Paschke, A.K. / Steinert, M. / Faber, C.
履歴
登録2007年9月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年5月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / entity_name_com / entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity_name_com.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein MIP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5822
ポリマ－14,6681
非ポリマー9141
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)16 / 80LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane protein MIP / Macrophage infectivity potentiator / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / PPIase / Rotamase


分子量: 14667.702 Da / 分子数: 1 / 断片: FRAGMENT: FKBP DOMAIN, RESIDUES 97-233 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SURFACE PROTEIN
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (レジオネラ・ニューモフィラ)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513
解説: ALVEOLAR MACROPHAGES CAN BE HOSTS OF LEGIONELLA PNEUMOPHILA
遺伝子: mip, lpg0791 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZXE0, プロリルイソメラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-RAP / RAPAMYCIN IMMUNOSUPPRESSANT DRUG / ラパマイシン


分子量: 914.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H79NO13 / コメント: 免疫抑制剤, 抗生剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111HETERONUCLEAR
121FILTERED SPECTRA
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED MIP.

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試料調製

詳細内容: 90 % H2O AND 10 % D2O
試料状態イオン強度: 20 mM / pH: 6.5 / 圧: 1.0 atm / 温度: 298.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
Xplor-NIHBRUNGER精密化
CNS構造決定
Xplor-NIH構造決定
精密化手法: ARIA, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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