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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2v3n | ||||||
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タイトル | Crystallographic analysis of upper axial ligand substitutions in cobalamin bound to transcobalamin | ||||||
要素 | TRANSCOBALAMIN-2トランスコバラミン | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / COBALT (コバルト) / TRANSPORT / GLYCOPROTEIN (糖タンパク質) / ION TRANSPORT / VITAMIN B12 TRANSPORT PROTEIN / COBALT TRANSPORT / BETA LIGAND SUBSTITUTION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Transport of RCbl within the body / cobalt ion transport / cobalamin transport / cobalamin binding / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | BOS TAURUS (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.73 Å | ||||||
データ登録者 | Wuerges, J. / Geremia, S. / Randaccio, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Iubmb Life / 年: 2007 タイトル: Vitamin B12 Transport Proteins: Crystallographic Analysis of Beta-Axial Ligand Substitutions in Cobalamin Bound to Transcobalamin. 著者: Wuerges, J. / Geremia, S. / Fedosov, S.N. / Randaccio, L. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. | ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2v3n.cif.gz | 101.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2v3n.ent.gz | 75.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2v3n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/2v3n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/2v3n | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46315.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: BLOOD血液 / プラスミド: PPICZ(ALPHA)-LB / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): SMD 1168 / 参照: UniProt: Q9XSC9 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-B12 / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-CYN / | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.9 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8.5 詳細: PROTEIN AT 0.5 MM IN 1 M NACL, 0.1 M TRIS, PH 7.5 CRYSTALLIZED FROM 28% PEG 8000, 0.2 M MAGNESIUM ACETATE, 0.1 M TRIS PH 8.5, 20% 2-METHYL-2, 4-PENTADIOL, 15 MM KCN |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月4日 |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→20.7 Å / Num. obs: 21370 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2BBC 解像度: 2.73→20.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 19.725 / SU ML: 0.212 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.448 / ESU R Free: 0.291 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. AMINO ACIDS FROM LYS168 TO VAL176 WERE NOT MODELLED DUE TO DISORDER. HIS175 AS UPPER AXIAL LIGAND OF COBALAMIN HAS BEEN DISPLACED BY EXTERNALLY SUPPLIED CYANIDE.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.4 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.73→20.7 Å
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拘束条件 |
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