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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2rrs | ||||||
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タイトル | NMR Structure of LC4 transmembrane segment of CCR5 | ||||||
要素 | C-C chemokine receptor type 5 | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / LC4 / CCR5 (CCR5) / HIV (ヒト免疫不全ウイルス) / transmembrane protein (膜貫通型タンパク質) / GPCR (Gタンパク質共役受容体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chemokine (C-C motif) ligand 5 binding / negative regulation of macrophage apoptotic process / signaling / chemokine receptor activity / C-C chemokine receptor activity / C-C chemokine binding / phosphatidylinositol phospholipase C activity / response to cholesterol / Chemokine receptors bind chemokines / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum ...chemokine (C-C motif) ligand 5 binding / negative regulation of macrophage apoptotic process / signaling / chemokine receptor activity / C-C chemokine receptor activity / C-C chemokine binding / phosphatidylinositol phospholipase C activity / response to cholesterol / Chemokine receptors bind chemokines / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / dendritic cell chemotaxis / Interleukin-10 signaling / Binding and entry of HIV virion / cellular defense response / coreceptor activity / cell chemotaxis / calcium-mediated signaling / calcium ion transport / 走化性 / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / virus receptor activity / cell-cell signaling / actin binding / G alpha (i) signalling events / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cellular response to lipopolysaccharide / cell surface receptor signaling pathway / エンドソーム / 炎症 / 免疫応答 / G protein-coupled receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / 細胞膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
Model details | lowest energy, model 1 | ||||||
データ登録者 | Miyamoto, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2011 タイトル: Solution Structure of LC4 Transmembrane Segment of CCR5 著者: Miyamoto, K. / Togiya, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2rrs.cif.gz | 122.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2rrs.ent.gz | 91.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2rrs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/2rrs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/2rrs | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1965.297 Da / 分子数: 1 / 断片: LC4 transmembrane segment, UNP residues 157-174 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P51681 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 2 mM LC4-1, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料 | 濃度: 2 mM / 構成要素: LC4-1 |
試料状態 | イオン強度: 280 / pH: 4.5 / 圧: ambient / 温度: 293 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz |
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-解析
NMR software | 名称: CYANA / バージョン: 2.1 / 開発者: Guntert, Mumenthaler and Wuthrich / 分類: 精密化 |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 |
代表構造 | 選択基準: lowest energy |
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1 |