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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2rq8 | ||||||
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タイトル | Solution NMR structure of titin I27 domain mutant | ||||||
要素 | Titinチチン | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Beta-sandwich / Immunoglobulin-like domain / Alternative splicing (選択的スプライシング) / ATP-binding / Calcium (カルシウム) / Calmodulin-binding / Cardiomyopathy (心筋症) / Coiled coil (コイルドコイル) / Cytoplasm (細胞質) / Disease mutation / Disulfide bond (ジスルフィド) / Immunoglobulin domain (免疫グロブリンフォールド) / Isopeptide bond / Kelch repeat / Kinase (キナーゼ) / Limb-girdle muscular dystrophy / Magnesium (マグネシウム) / Metal-binding / Nucleotide-binding / Nucleus (Nucleus) / Phosphoprotein / Polymorphism / Serine/threonine-protein kinase / TPR repeat / Ubl conjugation / WD repeat (WD40リピート) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sarcomerogenesis / structural molecule activity conferring elasticity / telethonin binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / cardiac myofibril assembly / muscle alpha-actinin binding / detection of muscle stretch / cardiac muscle tissue morphogenesis / regulation of catalytic activity / cardiac muscle hypertrophy ...sarcomerogenesis / structural molecule activity conferring elasticity / telethonin binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / cardiac myofibril assembly / muscle alpha-actinin binding / detection of muscle stretch / cardiac muscle tissue morphogenesis / regulation of catalytic activity / cardiac muscle hypertrophy / mitotic chromosome condensation / Striated Muscle Contraction / actinin binding / M band / I band / cardiac muscle cell development / regulation of protein kinase activity / structural constituent of muscle / sarcomere organization / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / striated muscle contraction / cardiac muscle contraction / protein kinase A signaling / condensed nuclear chromosome / muscle contraction / positive regulation of protein secretion / Z disc / response to calcium ion / : / actin filament binding / Platelet degranulation / protein tyrosine kinase activity / protease binding / calmodulin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / リン酸化 / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / enzyme binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
Model details | lowest energy, model 1 | ||||||
データ登録者 | Yagawa, K. / Oguro, T. / Momose, T. / Kawano, S. / Sato, T. / Endo, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2010 タイトル: Structural basis for unfolding pathway-dependent stability of proteins: Vectorial unfolding vs. global unfolding 著者: Yagawa, K. / Yamano, K. / Oguro, T. / Maeda, M. / Sato, T. / Momose, T. / Kawano, S. / Endo, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2rq8.cif.gz | 588.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2rq8.ent.gz | 496 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2rq8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/2rq8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/2rq8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10930.482 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 12677-12765 / 変異: K3E, Y9P, T42A, A78T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q8WZ42, non-specific serine/threonine protein kinase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 50mM POTASSIUM PHOSPHATE / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software | 名称: CYANA / バージョン: 2.1 / 開発者: P.GUNTERT ET AL. / 分類: 精密化 |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 |
代表構造 | 選択基準: lowest energy |
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1 |