+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2rfm | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of a Thermophilic Ankyrin Repeat Protein | ||||||
要素 | Putative ankyrin repeat protein TV1425 | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / Ankyrin Repeat / ANK repeat | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Ankyrin repeats (many copies) / Domain of unknown function DUF3447 / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat ...Ankyrin repeats (many copies) / Domain of unknown function DUF3447 / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Αソレノイド / Mainly Alpha 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Thermoplasma volcanium (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Loew, C. / Weininger, U. / Neumann, P. / Stubbs, M.T. / Balbach, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008 タイトル: Structural insights into an equilibrium folding intermediate of an archaeal ankyrin repeat protein 著者: Loew, C. / Weininger, U. / Neumann, P. / Klepsch, M. / Lilie, H. / Stubbs, M.T. / Balbach, J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2rfm.cif.gz | 177.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2rfm.ent.gz | 142.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2rfm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/2rfm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/2rfm | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
2 |
| |||||||||
3 |
| |||||||||
4 |
| |||||||||
単位格子 |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 21622.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma volcanium (古細菌) / 遺伝子: TVG1472127 / プラスミド: pet28c / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q978J0 |
---|
-非ポリマー , 6種, 501分子
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-144 / | #4: 化合物 | ChemComp-BU2 / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.59 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 20% Glycerol, 2M Ammoniumsulfate, 1% 1,3-butanediole, 20mM HEPES, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 286K |
-データ収集
回折 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 冗長度: 15.4 % / Av σ(I) over netI: 5.4 / 数: 715122 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.089 / D res high: 1.83 Å / D res low: 174.483 Å / Num. obs: 46388 / % possible obs: 98.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.65→48.472 Å / Num. obs: 58965 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 19.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 7.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1,2
|
-位相決定
位相決定 | 手法: 単波長異常分散 |
---|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.65→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.349 / SU ML: 0.043 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: TLS refinement - 1 group for every molecule.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.827 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|