+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2rfm | ||||||
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Title | Structure of a Thermophilic Ankyrin Repeat Protein | ||||||
Components | Putative ankyrin repeat protein TV1425 | ||||||
Keywords | PROTEIN BINDING / Ankyrin Repeat / ANK repeat | ||||||
Function / homology | Function and homology information Ankyrin repeats (many copies) / Domain of unknown function DUF3447 / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat ...Ankyrin repeats (many copies) / Domain of unknown function DUF3447 / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | Thermoplasma volcanium (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.65 Å | ||||||
Authors | Loew, C. / Weininger, U. / Neumann, P. / Stubbs, M.T. / Balbach, J. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / Year: 2008 Title: Structural insights into an equilibrium folding intermediate of an archaeal ankyrin repeat protein Authors: Loew, C. / Weininger, U. / Neumann, P. / Klepsch, M. / Lilie, H. / Stubbs, M.T. / Balbach, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2rfm.cif.gz | 177.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2rfm.ent.gz | 142.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2rfm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/2rfm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/2rfm | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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3 |
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4 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 21622.680 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermoplasma volcanium (archaea) / Gene: TVG1472127 / Plasmid: pet28c / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: Q978J0 |
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-Non-polymers , 6 types, 501 molecules
#2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-144 / | #4: Chemical | ChemComp-BU2 / #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 2 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.97 Å3/Da / Density % sol: 58.59 % |
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Crystal grow | Temperature: 286 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.4 Details: 20% Glycerol, 2M Ammoniumsulfate, 1% 1,3-butanediole, 20mM HEPES, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 286K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Redundancy: 15.4 % / Av σ(I) over netI: 5.4 / Number: 715122 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.089 / D res high: 1.83 Å / D res low: 174.483 Å / Num. obs: 46388 / % possible obs: 98.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.65→48.472 Å / Num. obs: 58965 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / Redundancy: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 19.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 7.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1,2
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-Phasing
Phasing | Method: SAD |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.65→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.349 / SU ML: 0.043 / Isotropic thermal model: Isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.079 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: TLS refinement - 1 group for every molecule.
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 45.827 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.65→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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