+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2rc5 | ||||||
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Title | Refined structure of FNR from Leptospira interrogans | ||||||
Components | Ferredoxin-NADP reductaseFerredoxin—NADP(+) reductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / FAD | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Leptospira interrogans (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.431 Å | ||||||
Authors | Nascimento, A.S. / Catalano-Dupuy, D.L. / Polikarpov, I. / Ceccarelli, E.A. | ||||||
Citation | Journal: Bmc Struct.Biol. / Year: 2007 Title: Crystal structures of Leptospira interrogans FAD-containing ferredoxin-NADP+ reductase and its complex with NADP+. Authors: Nascimento, A.S. / Catalano-Dupuy, D.L. / Bernardes, A. / Neto, M.O. / Santos, M.A. / Ceccarelli, E.A. / Polikarpov, I. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2rc5.cif.gz | 517 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2rc5.ent.gz | 426.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2rc5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/2rc5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/2rc5 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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4 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 34967.098 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Leptospira interrogans (bacteria) / Plasmid: pEt32 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q8EY89, ferredoxin-NADP+ reductase #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-ZN / | #4: Chemical | ChemComp-FAD / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.34 Å3/Da / Density % sol: 47.38 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion / pH: 7 Details: 27% PEG3350, 0.3M ammonium fluoride, 50mM Tris-HCL buffer, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: LNLS / Beamline: D03B-MX1 / Wavelength: 1.42 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Jan 1, 2005 / Details: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.42 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.43→89.809 Å / Num. all: 48995 / Num. obs: 47770 / % possible obs: 97.5 % / Redundancy: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 5.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.431→44.904 Å / FOM work R set: 0.813
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Solvent computation | Bsol: 16.443 Å2 / ksol: 0.358 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 63.23 Å2 / Biso mean: 26.43 Å2 / Biso min: 20.44 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.431→44.904 Å
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LS refinement shell |
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