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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2qwk | |||||||||
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タイトル | THE X-RAY STRUCTURE OF A COMPLEX OF 5-N-ACETYL-5-AMINO-3-(1-ETHYLPROPOXY)-1-CYCLOHEXENE-1-CARBOXYLIC ACID (GS4071) AND WILDTYPE TERN N9 INFLUENZA VIRUS NEURAMINIDASE | |||||||||
![]() | NEURAMINIDASE![]() | |||||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
機能・相同性 | ![]() exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Varghese, J.N. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Drug design against a shifting target: a structural basis for resistance to inhibitors in a variant of influenza virus neuraminidase. 著者: Varghese, J.N. / Smith, P.W. / Sollis, S.L. / Blick, T.J. / Sahasrabudhe, A. / McKimm-Breschkin, J.L. / Colman, P.M. #1: ![]() タイトル: Mutations in a Conserved Residue in the Influenza Virus Neuraminidase Active Site Decreases Sensitivity to Neu5Ac2En-Derived Inhibitors 著者: Mckimm-Breschkin, J.L. / Sahasrabudhe, A. / Blick, T.J. / Mcdonald, M. / Colman, P.M. / Hart, G.J. / Bethell, R.C. / Varghese, J.N. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 104.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 78.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 43723.770 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 82 - 468 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN, MEMBRANE BOUND STALK CLEAVED BY PRONASE, RELEASING FULLY ACTIVE HEAD WITH RESIDUES 82 - 468 (TOKYO/3/67 NUMBERING) 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 属: Influenzavirus A / 株: A/TERN/AUSTRALIA/G70C/75 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-糖 , 3種, 3分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose![]() |
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#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose![]() |
#4: 糖 | ChemComp-NAG / ![]() |
-非ポリマー , 3種, 353分子 ![](data/chem/img/G39.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-G39 / (![]() | ||
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#6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % 解説: THIS EXPERIMENT WAS CARRIED OUT TO DETERMINE THE STRUCTURE OF COMPLEX OF 5-N-ACETYL-5-AMINO-3- (1-ETHYLPROPOXY)-1-CYCLOHEXENE-1-CARBOXYLIC ACID (GS4071) AND WILDTYPE TERN N9 NEURAMINIDASE. | ||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | pH: 5.9 / 詳細: 1.9M PHOSPHATE (PH 5.9) | ||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.6 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Laver, W.G., (1984) Virology, 137, 314. | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 107 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年1月13日 / 詳細: YALE MIRRORS |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.8→100 Å / Num. obs: 37216 / % possible obs: 79.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.15 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.088 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.863 Å / % possible all: 29.5 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 154336 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: TERN N9 NEURAMINIDASE 解像度: 1.8→6 Å / σ(F): 1 / 詳細: 2 METAL IONS /
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.01 Å / Luzzati d res low obs: 6 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |