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- PDB-2qwi: THE X-RAY STRUCTURE OF A COMPLEX OF N-ACETYL-4-GUANIDINO-6-METHYL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qwi
タイトルTHE X-RAY STRUCTURE OF A COMPLEX OF N-ACETYL-4-GUANIDINO-6-METHYL(PROPYL)CARBOXAMIDE-4,5-DIHYDRO-2H-PYRAN-2-CARBOXYLIC ACID AND WILDTYPE TERN N9 INFLUENZA VIRUS NEURAMINIDASE
要素NEURAMINIDASEノイラミニダーゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / NEURAMINIDASE (ノイラミニダーゼ) / INFLUENZA PROTEIN (インフルエンザ) / DRUG RESISTANT VARIANT / SIALIC ACID ANALOGUES / DANA ANOLOGUES / GLYCOSYLATED PROTEIN (グリコシル化) / CARBOXAMIDE DERIVATIVES
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / ノイラミニダーゼ / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sialidase, Influenza viruses A/B / Glycoside hydrolase, family 34 / ノイラミニダーゼ / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / ノイラミニダーゼ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-G20 / alpha-D-mannopyranose / ノイラミニダーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Varghese, J.N.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: Drug design against a shifting target: a structural basis for resistance to inhibitors in a variant of influenza virus neuraminidase.
著者: Varghese, J.N. / Smith, P.W. / Sollis, S.L. / Blick, T.J. / Sahasrabudhe, A. / McKimm-Breschkin, J.L. / Colman, P.M.
#1: ジャーナル: J.Virol. / 年: 1998
タイトル: Mutations in a Conserved Residue in the Influenza Virus Neuraminidase Active Site Decreases Sensitivity to Neu5Ac2En-Derived Inhibitors
著者: Mckimm-Breschkin, J.L. / Sahasrabudhe, A. / Blick, T.J. / Mcdonald, M. / Colman, P.M. / Hart, G.J. / Bethell, R.C. / Varghese, J.N.
履歴
登録1998年4月7日処理サイト: BNL
改定 1.01998年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_PDB_ins_code / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEURAMINIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8017
ポリマ－43,7241
非ポリマー2,0776
水3,531196
1
A: NEURAMINIDASE
ヘテロ分子

A: NEURAMINIDASE
ヘテロ分子

A: NEURAMINIDASE
ヘテロ分子

A: NEURAMINIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,20328
ポリマ－174,8954
非ポリマー8,30824
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation15_555y,-x,z1
crystal symmetry operation16_555-y,x,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)182.800, 182.800, 182.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number211
Space group name H-MI432

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 NEURAMINIDASE / ノイラミニダーゼ / SIALIDASE


分子量: 43723.770 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 82 - 468 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN, MEMBRANE BOUND STALK CLEAVED BY PRONASE, RELEASING FULLY ACTIVE HEAD WITH RESIDUES 82 - 468
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
属: Influenzavirus A / 株: A/TERN/AUSTRALIA/G70C/75 / 発現宿主: Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P03472, ノイラミニダーゼ

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糖 , 4種, 5分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d2-e1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス / マンノース


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 糖 ChemComp-G20 / 5-N-acetyl-4-guanidino-6-methyl(propyl) carboxamide-4,5-dihydro-2H-pyran-2-carboxylic acid / 4-ACETYL-4-GUANIDINO-6-METHYL(PROPYL)CARBOXAMIDE-4,5-DIHYDRO-2H-PYRAN-2-CARBOXYLIC ACID / (4S)-4α-グアニジノ-5β-(アセチルアミノ)-6α-(メチルプロピルカルバモイル)-5,6-ジヒドロ-4H-ピ(以下略)


タイプ: L-saccharide / 分子量: 341.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H23N5O5

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非ポリマー , 2種, 197分子

#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
解説: THIS EXPERIMENT WAS CARRIED OUT TO DETERMINE THE STRUCTURE OF COMPLEX OF N-ACETYL-4-GUANIDINO-6-METHYL (PROPYL)CARBOXAMIDE-4,5-DIHYDRO-2H-PYRAN-2-CARBOXYLIC ACID AND WILDTYPE TERN N9 NEURAMINIDASE.
結晶化pH: 5.9 / 詳細: 1.9M PHOSPHATE (PH 5.9)
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 6.6 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Laver, W.G., (1984) Virology, 137, 314.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.7 Mpotassium phosphate1drop
210-15 mg/mlprotein1drop
31.9 Mpotassium phosphate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1
検出器タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1994年4月8日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→100 Å / Num. obs: 28605 / % possible obs: 76.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.06
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / % possible all: 46.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 111968

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
WEISデータ収集
タンパク質V4データ削減
X-PLOR3モデル構築
X-PLOR3精密化
WEISデータ削減
タンパク質V. 4データスケーリング
X-PLOR3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: TERN N9 NEURAMINIDASE

解像度: 2→6 Å / σ(F): 1 / 詳細: 2 METAL IONS /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.184 --
obs0.184 25550 76.8 %
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.02 Å / Luzzati d res low obs: 6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3067 0 136 196 3399
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.96
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it3
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.03 Å / Total num. of bins used: 15 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.41 615 -
obs--71 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2CHO.PARTOPCHO.PAR
X-RAY DIFFRACTION34GUA.TOP
X-RAY DIFFRACTION4TOPHPEP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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