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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2qez | ||||||
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タイトル | Crystal structure of ethanolamine ammonia-lyase heavy chain (YP_013784.1) from Listeria monocytogenes 4b F2365 at 2.15 A resolution | ||||||
要素 | Ethanolamine ammonia-lyase heavy chain | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / YP_013784.1 / ethanolamine ammonia-lyase heavy chain / Ethanolamine ammonia lyase large subunit (EutB) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 リアーゼ / ethanolamine ammonia-lyase heavy chain domain like / Ribosomal Protein L24e; Chain: T; / Annexin V; domain 1 / Aldolase class I / Roll / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta ...リアーゼ / ethanolamine ammonia-lyase heavy chain domain like / Ribosomal Protein L24e; Chain: T; / Annexin V; domain 1 / Aldolase class I / Roll / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Listeria monocytogenes serotype 4b (リステリア・モノサイトゲネス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of ethanolamine ammonia-lyase heavy chain (YP_013784.1) from Listeria monocytogenes 4b F2365 at 2.15 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ... SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2qez.cif.gz | 503 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2qez.ent.gz | 420.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2qez.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/2qez ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/2qez | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: MSE / End label comp-ID: LEU / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 1 - 453 / Label seq-ID: 2 - 454
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50682.871 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Listeria monocytogenes serotype 4b (リステリア・モノサイトゲネス) 株: F2365 / 遺伝子: YP_013784.1, eutB, LMOf2365_1185 / プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q720Q3, ethanolamine ammonia-lyase #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.12 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: NANODROP, 30.0% 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.2M Magnesium acetate, 0.1M Sodium pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91162, 0.97925, 0.97895 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月12日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent (horizontal focusing) プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.15→29.21 Å / Num. obs: 162506 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 44.807 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 9.26 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 多波長異常分散 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.15→29.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 9.943 / SU ML: 0.237 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.261 / ESU R Free: 0.219 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. GLYCEROL MOLECULES FROM CRYSTALLIZATION ARE MODELED IN THIS STRUCTURE.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.229 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→29.21 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.15→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
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