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万見
- PDB-2q8d: Crystal structure of JMJ2D2A in ternary complex with histone H3-K... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q8d
タイトルCrystal structure of JMJ2D2A in ternary complex with histone H3-K36me2 and succinate
要素
  • HISTONE 3 peptide
  • JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / histone demethylase / hydroxylase (ヒドロキシル化) / succinate (コハク酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / apoptotic chromosome condensation / histone H3K36 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of astrocyte differentiation / histone demethylase activity ...[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / apoptotic chromosome condensation / histone H3K36 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of astrocyte differentiation / histone demethylase activity / pericentric heterochromatin / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / methylated histone binding / positive regulation of neuron differentiation / response to nutrient levels / negative regulation of autophagy / HDMs demethylate histones / 核小体 / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / 遺伝子発現の調節 / クロマチンリモデリング / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / クロマチン / positive regulation of gene expression / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Lysine-specific demethylase 4, Tudor domain / Jumonji domain-containing protein 2A Tudor domain / Tudor domain / Tudor domain / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / JmjN domain ...: / : / : / Lysine-specific demethylase 4, Tudor domain / Jumonji domain-containing protein 2A Tudor domain / Tudor domain / Tudor domain / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / JmjN domain / jmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / Cupin / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / コハク酸 / Lysine-specific demethylase 4A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Couture, J.-F. / Collazo, E. / Ortiz-Tello, P. / Brunzelle, J.S. / Trievel, R.C.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Specificity and mechanism of JMJD2A, a trimethyllysine-specific histone demethylase.
著者: Couture, J.F. / Collazo, E. / Ortiz-Tello, P.A. / Brunzelle, J.S. / Trievel, R.C.
履歴
登録2007年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A
B: JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A
F: HISTONE 3 peptide
G: HISTONE 3 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,78410
ポリマ－85,2994
非ポリマー4846
水4,035224
1
A: JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A
F: HISTONE 3 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8925
ポリマ－42,6502
非ポリマー2423
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1300 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area15940 Å2
手法PISA
2
B: JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A
G: HISTONE 3 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8925
ポリマ－42,6502
非ポリマー2423
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1430 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area15450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.857, 148.642, 57.346
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-566-

HOH

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要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABFG

#1: タンパク質 JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A


分子量: 40863.504 Da / 分子数: 2 / 断片: Jumonji domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JMJD2A, JHDM3A, JMJD2, KIAA0677 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl-21
参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: タンパク質・ペプチド HISTONE 3 peptide / PEPTIDE


分子量: 1786.110 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic Peptide

-
非ポリマー , 4種, 230分子

#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸 / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.81 %

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月13日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→37.8 Å / Num. obs: 38447 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 36.1
反射 シェル解像度: 2.29→2.38 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.471 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 1099 / Rsym value: 0.452

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GP5

2gp5


解像度: 2.29→37.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 13.58 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 1 / ESU R: 0.326 / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25057 1927 5 %RANDOM
Rwork0.20362 ---
obs0.20602 38402 97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.32 Å20 Å20 Å2
2---0.35 Å20 Å2
3---0.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→37.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5672 0 20 224 5916
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0225857
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2941.9477925
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8255690
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.96823.251283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.72415972
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.51537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2810
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024534
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.22671
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.23972
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.160.2286
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.20.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2520.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5391.53561
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.94325599
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.40832680
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.164.52326
LS精密化 シェル解像度: 2.29→2.35 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 98 -
Rwork0.25 2150 -
obs--78.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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