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- PDB-2pzj: Crystal structure of the Bordetella bronchiseptica enzyme WbmF in... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2pzj | ||||||
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Title | Crystal structure of the Bordetella bronchiseptica enzyme WbmF in complex with NAD+ | ||||||
![]() | Putative nucleotide sugar epimerase/ dehydratase | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Harmer, N.J. / King, J.D. / Palmer, C.M. / Maskell, D. / Blundell, T.L. | ||||||
![]() | ![]() Title: Predicting protein function from structure--the roles of short-chain dehydrogenase/reductase enzymes in Bordetella O-antigen biosynthesis. Authors: King, J.D. / Harmer, N.J. / Preston, A. / Palmer, C.M. / Rejzek, M. / Field, R.A. / Blundell, T.L. / Maskell, D.J. #1: Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2007 Title: Cloning, expression, purification and preliminary crystallographic analysis of the short-chain dehydrogenase enzymes WbmF, WbmG and WbmH from Bordetella bronchiseptica. Authors: Harmer, N.J. / King, J.D. / Palmer, C.M. / Preston, A. / Maskell, D.J. / Blundell, T.L. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 86.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 63.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 2pzkC ![]() 2pzlC ![]() 2pzmC ![]() 2q1sC ![]() 2q1tC ![]() 2q1uC ![]() 2q1wC ![]() 1bxkS ![]() 1keuS ![]() 1r6dS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Details | The second part of the (dimeric) biological assembly is generated by the two fold axis: 0, y, 0, followed by a translation of 0, 0, 1. |
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Components
#1: Protein | Mass: 41594.832 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-NAD / ![]() |
#3: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.18 Å3/Da / Density % sol: 43.63 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 9 Details: 0.1 M bicine, 16 % (w/w) PEG 8000, pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: May 18, 2006 |
Radiation | Monochromator: Si 111 Channel / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. all: 28232 / Num. obs: 27275 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 5 / Redundancy: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 24.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 32.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.93 Å / Redundancy: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.223 / Mean I/σ(I) obs: 5.89 / Num. unique all: 1061 / % possible all: 77.4 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: PDB entries 1BXK, 1KEU, 1R6D Resolution: 1.9→38.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 6.517 / SU ML: 0.101 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic with TLS / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.131 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 23.931 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→38.38 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.899→1.948 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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