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万見
- PDB-2py2: Structure of Herring Type II Antifreeze Protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2py2
タイトルStructure of Herring Type II Antifreeze Protein
要素Antifreeze protein type II不凍液
キーワードANTIFREEZE PROTEIN (不凍タンパク質) / type II antifreeze protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Type-2 ice-structuring protein / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily ...Type-2 ice-structuring protein / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
不凍タンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Clupea harengus (タイセイヨウニシン)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Liu, Y. / Li, Z. / Lin, Q. / Seetharaman, J. / Sivaraman, J. / Hew, C.-L.
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2007
タイトル: Structure and Evolutionary Origin of Ca-Dependent Herring Type II Antifreeze Protein.
著者: Liu, Y. / Li, Z. / Lin, Q. / Kosinski, J. / Seetharaman, J. / Bujnicki, J.M. / Sivaraman, J. / Hew, C.L.
履歴
登録2007年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antifreeze protein type II
B: Antifreeze protein type II
C: Antifreeze protein type II
D: Antifreeze protein type II
E: Antifreeze protein type II
F: Antifreeze protein type II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,99112
ポリマ－92,7506
非ポリマー2406
水10,467581
1
A: Antifreeze protein type II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4982
ポリマ－15,4581
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Antifreeze protein type II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4982
ポリマ－15,4581
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Antifreeze protein type II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4982
ポリマ－15,4581
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Antifreeze protein type II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4982
ポリマ－15,4581
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Antifreeze protein type II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4982
ポリマ－15,4581
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Antifreeze protein type II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4982
ポリマ－15,4581
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)31.279, 146.415, 192.406
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Antifreeze protein type II / 不凍液


分子量: 15458.392 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clupea harengus (タイセイヨウニシン)
遺伝子: hAFP / プラスミド: pGAPZ alpha A / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q91992
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 581 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 180 mM Ammonium Sulfate, 100 mM Sodium Acetate pH 4.5, 1mM Calcium Chloride, 20% PEG 4000 and 3% D-Glucose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.1 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2006年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 94813 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12.9 % / Rsym value: 0.058

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→20 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 4543 -random
Rwork0.209 ---
all-99038 --
obs-90464 91.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5976 0 6 581 6563

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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